[contour] Superposer des contours en couleur sur une image en niveaux de gris

Bonjour,

J'ai une image dicom en niveau de gris à laquelle j'aimerais superposer des contours calculés avec la fonction contour, qui correspondent à des valeurs de déformations dans l'image. Le problème est que la différence des cartes de couleurs (colormap) entre l'image dicom et les contours, fait que soit j'ai bien mon image en niveau de gris mais on ne voit pas les contours en noir, soit je laisse la colormap cool pour les contours, mais là l'image n'est plus en niveux de gris...

Merci à celui qui pourra m'aider à afficher sur une même figure mon image dicom en niveux de gris et mes contours avec sa carte de couleurs spécifique !

Voici la solution :

Code:

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figure colormap(gray)   M=zeros(10); M(2:9,2:9)=.33; M(3:8,3:8)=.66; M(4:7,4:7)=1;   imagesc(M)   hold on [c,h]=contour(M,5); % Ou [c,h]=contour('v6',M,5); pour Matlab 7 et +   map=hsv(length(h));   for n=1:length(map)   set(h(n),'edgecolor',map(n,:))   end

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Merci, j'ai bien l'affichage souhaité, cependant j'aimerais avoir quelques explications supplémentaires si possible :) :

- que fait l'option 'v6' de la fonction contour ?
- y a -til moyen de choisir une autre carte de couleur que 'edgecolor' ?
- et enfin j'aimerais afficher les valeurs de chaque isocontour, mais avec ton code la ligne set(h,'Showtext', 'on') n fonctionne plus et renvoie l'erreur : There is no 'ShowText' property in the 'patch' class

Merci de votre aide

Note : la solution précédente était utilisée dans les versions précédentes de Matlab...elle n'est donc plus tout à fait à jour :?

Citation:

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Envoyé par matt67

- que fait l'option 'v6' de la fonction contour ?

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Voir la doc : contour (rubrique "Backward Compatible Version")

Citation:

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Envoyé par matt67

- y a -til moyen de choisir une autre carte de couleur que 'edgecolor' ?

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Je ne comprends pas bien , la couleur est gérée par :

Code:

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map=hsv(length(h));

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Regarde le principe de COLORMAP

Citation:

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Envoyé par matt67

- et enfin j'aimerais afficher les valeurs de chaque isocontour, mais avec ton code la ligne set(h,'Showtext', 'on') n fonctionne plus et renvoie l'erreur : There is no 'ShowText' property in the 'patch' class

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Essaie avec CLABEL.

Ok, merci pour ces réponses , tout s'éclaircit petit à petit.
J'aimerais encore améliorer le système, puisque je voudrais garder entre deux images différentes, pour une même isovaleur la même couleur de contour.

Comment faire puisque l'échelle de couleur est fixé automatiquement en fonction de l'échelle des valeurs présentes...?

Merci

C'est un peu plus compliqué... je pense qu'il faut utiliser

Code:

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[c,h]=contour(X,[val]);

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et ensuite affecter une couleur à chaque contour en fonction de val

Bonjour,

Je souhaiterais toujours superposer des contours, de couleur différente fonction de la valeur, sur une image en niveau de gris.

L'ancien code fonctionnant mais qui ne fonctionne plus sous matlab 2014b :

Code:

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imshow(Ima1,[],'InitialMagnification','fit'); hold on [C,h] = contour(Xp,Yp,dRp,0:0.1:4,); map= winter(length(h)); for n=1:length(map) set(h(n),'edgecolor',map(n,:),'LineWidth',1); axis on end clabel(C,'FontWeight','bold','Color','w');

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Sous matlab 2014b, h n'est plus un vecteur mais une structure et il me semble impossible de définir comme dans l'ancien code une couleur pour chaque contour défini.

Merci d'avance de l'aide que vous pourrez me fournir !

Matthieu

Une idée :

Code:

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figure   M = zeros(10); M(2:9,2:9)=.33; M(3:8,3:8)=.66; M(4:7,4:7)=1;   rgbM = cat(3, M, M, M); image(rgbM) axis image   hold on [c,h] = contour(M,5);   map = winter(5); colormap(map) h.LineColor = 'flat';

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Bonjour DUT,

Merci pour cette réponse rapide.

Cependant cela ne fonctionne pas chez moi pour deux raisons :

1) Je ne connais pas d'avance le nombre de contours pour chaque matrice dRp contourée et je précise donc l'intervalle de valeur dont je souhaite observer les contours :

Code:

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[C,h] = contour(Xp,Yp,dRp,0:0.1:4,);

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--> Je ne peux donc définir d'avance la taille de la matrice map utilisé dans :

Code:

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colormap(map)

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2) Lorsque j'essaie d'appliquer cette échelle de couleurs, la commande

Code:

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colormap(map)

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s'applique à mon image niveaux de gris et non aux contours superposés à cette image.

Matthieu

Citation:

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Envoyé par matt67

2) Lorsque j'essaie d'appliquer cette échelle de couleurs, la commande

Code:

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colormap(map)

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s'applique à mon image niveaux de gris et non aux contours superposés à cette image.

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C'est pour cela qu'il faut afficher l'image en couleurs vraies.

D'où dans mon code précédent :

Code:

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1 2	rgbM = cat(3, M, M, M); image(rgbM)

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