Execution d'un programme perl avec exec
Bonjour,
je suis entrain de développer une application qui sera un portail web où on pourra lancer différents outils qui sont des programmes perl.
J'ai lu pas mal de docs sur la classe runtime et sa fonction exec. et voici ce que j'ai reussi en en tirer: voici mon code
Code:
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// On execute l'outil
Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
final Process process = runtime.exec(new String[] { "mfold_outputXML_2.pl", "T", temp, "Na", na, "Mg", mg, "-seqfile", "seqs.fasta"} );
try{
int fin = process.waitFor();
System.out.println("apres wait : "+fin);
System.out.println("La valeur de sortie de l'executione est:"+process.exitValue());
}
catch(InterruptedException ie){
ie.printStackTrace();
System.out.println("InterruptedException : Application interrompu par le System");
}
catch(IllegalThreadStateException itse){
itse.printStackTrace();
System.out.println("IllegalThreadStateException : Application interrompu par le System");
}
new Thread() {
public void run() {
try {
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getInputStream()));
String line = "";
try {
while((line = reader.readLine()) != null) {
// Traitement du flux de sortie de l'application si besoin est
sortie = sortie.concat(line);
}
} finally {
reader.close();
}
} catch(IOException ioe) {
ioe.printStackTrace();
System.out.println("IOExc : Application interrompu par le System");
}
}
}.start();
System.out.println("Finsortie : "+sortie+"\n"); |
Mon problème est que quand je lance le script perl en ligne de commande celui-ci s'execute parfaitement bien mais il met quelques secondes.
Quand je lance mon application java, il lance bien le programme perl, mais on dirait qu'il s'arrête au milieu, car dans mon affichage de la variable sortie je n'est que les première lignes de la sortie du programme. Il n'affiche pas les lignes qui apparaissent qu'au bout de quelques secondes. Et surtout je n'ai aucun résultats.
Autre chose, la methode waitFor(), renvoi 2, ainsi que la methode exitValue().
Je ne sais pas a quoi cela correspond (ça ne devrait pas renvoyer 0 si le programme s'execute bien??).
Merci de votre aide.
