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| #utilise le fichier .alignment pour sortir un fichier .txt avec les blocs des différents génomes
sub tableau_texte{#nom de fonction
my $fichier=$_[0];#ARGV[0] stocké dans $_[0]
my $fich= "essai.txt";#fichier essai.txt déjà existant mais réécri par dessus
sysopen(BOB, $fich, O_RDWR | O_TRUNC| O_APPEND);
open YEAST, "$fichier";#ouvre le fichier en parametre
while (<YEAST>){#tant qu'il reste des lignes dans le parametre
if(($_=~/^>\s(\d)\:(\d+)-(\d+)\s(\W)/) and ($ligneprecedente==1)){#recherche des lignes souhaitées
if($1!=1){
close $fichier;
close (BOB);
return;
}
}
if($_=~/^>\s(\d)\:(\d+)-(\d+)\s(\W)/){
if($1==1){@ligne=($4.$2,$4.$3);}
if($1<$nbGenome && $1!=1){push(@ligne,$4.$2,$4.$3);}
if($1==$nbGenome){
push(@ligne,$4.$2,$4.$3);
select(BOB);
print ("@ligne\n");
}
}
if($_=~/^=/){$ligneprecedente=1;}
else{$ligneprecedente=0;}
}
close $fichier;#ferme le fichier en parametre
close (BOB);
} |