Oui ça change parcequ'à ce moment la il te cré tous les répertoires comme il faut, et nornalement, à chaque que tu cré un classe dans src, le .class est copié dans un repertoire classes dans WEB-INF, et c'est ça que JBoss va chercher pour effectuer les traitement.
Si non c'est peut être qu'il te manque des librairies, parceque TagUtiles n'arrive pas à trouver un module. Est ce que tu as MyEclipse ?