Bioperl et clustalw

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10/05/2007, 14h56
fren7fr

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Bioperl et clustalw

Bonjour
je suis un pt nouveau dans le perl et je suis en train de faire des analyses de bioinformatique. Je vais de me mettre à bioperl qui offre une bonne gamme de modules dont clustalw. J'ai a automatiser un bon millier d'alignement. J'ai parcouru le web et j'ai installer le module bioperl 1.5.1 avec perl package manager sous windows. J'ai installer clustalw 1.83. Mes premiers bouts de code ne donnent pas grand chose. le mieux que j'ai fait c'est faire fonctionner le script mais je n'arrive pas a récupérer les données générées dans un outfile... Ya t'il quelk1 qui pourrait m'expliquer le principe
C'est un peu la loose...
Voila merci de votre aide
cordialitées
10/05/2007, 23h42
Jedai
Tout d'abord : ON NE POSTE PAS DANS CE FORUM, on poste dans les sous-forums, comme c'est clairement indiqué en haut de ce forum... Ton prochain message ici sera supprimé sans avertissement (à part un MP), pour celui-ci je me contente de le déplacer dans le sous-forum Bioinformatique.

Ensuite, ton script a l'air correct. Si je comprends bien ton problème est juste que tu ne sais pas ouvrir un fichier en écriture et écrire dedans ? Dans ce cas notre FAQ contient les informations nécessaire, simplement pour écrire dans "output.txt", il faut faire :
Code:

1 2 3 open my($out), '>', 'output.txt' or die "$!\n"; print $out "Ce que je veux écrire dans le fichier.\n";
(Attention, '>' écrase ce qu'il y avait auparavant dans le fichier, utilise '>>' si tu veux juste rajouter du texte à la fin.)

--
Jedaï

Voici la façon dont je procède pour directement appeler ClustalW grâce à Perl, peut-être peux-tu t'en inspirer pour d'autres programmes:

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#---------------------------- RunClustalW.pl -----------------------------#
#       Prend en entrée des séquences en forma FASTA et donne en retour
#       l'alignement effectué par ClustalW dans un nouveau fichier FASTA
#---------------------------- RunClustalW.pl -----------------------------#
 
use strict;
use warnings;
use Time::localtime;
 
 
# Paramètre de temps
#---------------------
my $Date = ctime();
 
BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:/Clustalw/' }
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
 
my $File = "NomFichier";
my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => "P:/Perl/scripts/Files/$File.msf");
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
 
 
my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> "P:/Perl/scripts/Files/$File.txt", -format => 'Fasta');
my @seq_array =();
 
while ( my $seq = $str->next_seq() )
{
        push (@seq_array, $seq) ;
}
 
my $seq_array_ref = \@seq_array;
my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
 
 
 
#BILAN
#------
print "\n\n\$aln de type\t$aln\n\n";
print "\n\n\n----------------------------\n------- DESCRIPTEURS -------\n----------------------------\n";
 
 
print "Longueur\t". $aln->length, "\n";
print "Nbr de résidus\t". $aln->no_residues, "\n";
print "Flush\t". $aln->is_flush, "\n";
print "Nbr de séquences\t". $aln->no_sequences, "\n";
print "Pourcentage d'identité\t". $aln->percentage_identity, "\n";
 
 
print "\n\n\n-------------\n--- TEMPS ---\n-------------\n";
my $Fin = ctime();
print "\nDépart\t=>".$Date."\nFin\t=>".$Fin."\n";
 
 
 
close;

nb: j'ai crée un fichier de sortie .msf mais tu peux également choisir le format .fsa

En fait tu as déjà en entrée un alignement et tu voudrais l'analyser et avoir dans un fichier de sortie les informations au sujet de cet alignement?

Code:

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#! C:/Perl/bin/perl.exe
 
use strict;
use warnings;
use FileHandle;
 
use Bio::AlignIO;
 
my $in = new Bio::AlignIO ( -file =>'P:/Perl/testclustal.fsa', -format => 'fasta');
my $aln = $in->next_aln();
my $OutFileFASTA = FileHandle->new (">P:/Perl/FASTAInfo.txt");
print $OutFileFASTA "same length of all sequences: ",
      ($aln->is_flush()) ? "yes" : "no", "\n";
print $OutFileFASTA "alignment length: ", $aln->length(), "\n";
printf $OutFileFASTA "identity: %.2f %%\n", $aln->percentage_identity();
printf $OutFileFASTA "identity of conserved columns: %.2f %%\n", $aln->overall_percentage_identity();
 
 
 
close;

Jasmine,

11/05/2007, 09h47
fren7fr

merci

Bonjour
Desolé Jedai pour le coup du sous forum
En plus en lisant des anciennes discussions j'avais vu ça mais je me suis fait avoir comme un bleu JE NE POSTERAI PLUS SUR LE FORUM PRINCIPAL.
Merci Jasmine80 pour ton code je l'ai un peu transformé et j'ai obtenu ce que je voulais c'est à dire mettre les paramètres que tu affiche dans ton descripteur à l'interieur de mon outfile...
merci et vous m'avez economiser mes yeux pour des recherches improbables sur le net.
A+