[Tableaux] traduction des séquences

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11/04/2007, 17h39
maryach

[Tableaux] traduction des séquences

vous pouvez m'expliquer comment concatener les valeurs d'un tableau, j'ai un tableau ou il y a plusieurs valeurs d'aa et je vais les rassembler dans une sequence $seq par exemple,quand j'utilise le point de concaténation ça me fait genre
v
vk
vkd
vkdc
ça concatene pas tout à la fois?
merci de me repondre.
11/04/2007, 17h45
kahya

c'est pas très explicite, on peut avoir un bout de code?
11/04/2007, 17h47
Sarrus

tu iteres sur ton tableau et à chaque boucle tu fais un .= sur ta variable.

voilà!

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
if($_POST['initiationcode']=='initiation' and $_POST['readingframe']=='direct1' and $_POST['strand']=='direct')
{
	for ($i=0;$i<strlen($sequence);$i=$i+3)// on extrait le triplet suivant dans la séquence
	{
	$triplet=substr($sequence,$i,3);
		if(strlen($triplet)==3)
		{
		$aa=$code[$triplet];
		echo $aa;
		}	
		else
		{
		}

maintenant je veux concaténuer tous les $aa dans une variable $seq.

11/04/2007, 17h53
Sarrus

ben :

Code:

$seq .= $aa
11/04/2007, 17h59
maryach

c ce ke j'ai fait mais àa me donne genre
$aa1
$aa1$aa2
$aa1$aa2$aa3
si comme si il concatène 1 par 1 à chaque ligne?!!
moi je veux que ça me donne une suite d'aa
11/04/2007, 18h01
Sarrus

ben à chaque fois qu'il passe dans ton for, il ajoute un bout à $seq.

Je ne comprends pas ton probleme,

à la sortie de ta boucle for tu devrais avoir ta variable $seq contenant toutes tes variables $aa
11/04/2007, 18h02
Sarrus

ton echo il faut le mettre apres le for
16/04/2007, 15h45
maryach

traducteur

salut,
j'ai une séquence par exemple de cette forme :
ATCDQGMAGWSSVVAKLI*LKPIKLCG[COLOR[/COLOR]="Blue"]M[/COLOR]KKLEQDS*
avec ce code :
$is_orf=FALSE;// l'opération suivante renvoie les ORFs souhaités.
for ($i=0;$i<strlen($seq);$i++)// on parcourt la séquence protéique ranvoyée.

{
$aa=substr($seq,$i,1);
if($aa=='M')
{
$is_orf=TRUE;
}
elseif($aa=='*')
{
$is_orf=FALSE;
}
if($is_orf==TRUE)
{
$ORF=$ORF.$aa;
}
else
{
;
}
}
je prend seulemnt les parties qui commence par un M et qui finissent pas un *
le problème que je bloque sur le fait de lui dicter comment passe à la deuxième partie en rouge, ça veut dire envoyer les deux celle en rouge et celle en jaune chacune separement?
je en sais pas si je me suis bien fais comprendre:lol:
16/04/2007, 15h53
julp
On doit pouvoir simplifier la chose en utilisant directement les expressions régulières :
Code:

1 2 3 4 5 $seq = "ATCDQGMAGWSSVVAKLI*LKPIKLCGMKKLEQDS*"; preg_match_all('/M(.*)\*/U', $seq, $m, PREG_SET_ORDER); foreach ($m as $orf) { echo $orf[1] . '<br/>'; }
Je vous recommande de lire : Initiation aux expressions régulières en PHP, si besoin.
16/04/2007, 16h15
sohnic

Bonjour,
Au lieur de te prendre la tete comme ca, pourquoi est-ce que tu n'exploses pas ta chaine selon les *. Deja tu obtiens tes proteines potentielles. Ensuite, pour chacune d'elle tu lis du premier M a la fin....
Sohnic
16/04/2007, 16h40
maryach

8O ,waw!
tu peux pas seulement m'aider à rectifier mon code pour que ça marche?:roll:

C'est plus rectifier, c'est voir autrement !
En plus reinventer la roue ....

Bon, allez :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 $seq = "ATCDQGMAGWSSVVAKLI*LKPIKLCGMKKLEQDS*"; $tab_prot=explode('*',$seq); foreach($tab_prot as $prot_potentielle) { $pos_premier_M=strpos($prot_potentielle,'M'); $prot=substr($prot_potentielle,$pos_premier_M); echo $prot; }
A peu de chose pres ca doit ressembler a ca. Personnellement je ferais aussi un test sur la taille de la proteine obtenue....

Par curiosité, c'est un stage de quoi que tu fais ?

Sohnic

16/04/2007, 17h47
maryach

merci shonic:D , en fait c'est un projet en PHP : creer un site web interactif, et j'ai choisi de faire un traducteur de séquences d'ADN;)
16/04/2007, 18h03
sohnic

Mais, c'est un projet specifique a la bioinfo ? Pour une entreprise ? Et quel niveau (BTS, master) ?
Je sais que je suis curieuse, mais ca me permet aussi de savoir quel sont les stages en vogue cette année.;)

Bon courage pour la suite,

Sohnic
17/04/2007, 15h17
maryach

non e n'est pas un stage, en fait je suis en biologie celluleire, et j'ai choisie comme unité libre programation de sites web, alors j'ai un projet à faire et à faire et à rendre le 21 mai,voilà;)
pas de problèmes je suis prêt à repondre a toutes questions:lol:
17/04/2007, 15h48
sohnic

Ok, merci pour l'info. Je ne savais pas qu'on proposait cette option en bio cel. Mais ca me semble etre une evolution logique des programmes vue l'importance que prend l'informatique dans ce domaine.

Bonne continuation....

Sohnic
18/04/2007, 00h30
maryach

merci a toi aussi:D