Autre fonction qu'index pour rechercher un motif? (avec mismatches)
Bonjour!
Soit le script suivant :
Code:
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|
#!/usr/bin/perl
use Bio::Perl;
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
require 'function.pl';
#Testing some of function I have created.
##Test of StringToRegex :
$primer = "acvgayaaygaratcaaraayywytcg";
#$regex = StringToRegex($primer);
#Debug
#print $regex;
$seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => "@ARGV[0]", -format => "fasta");
$seq = $seqio_obj -> next_seq;
print $seq->seq."\n";
#$seq2 = $seq->seq;
#print $seq2."\n";
$index = index($seq->seq, $primer); |
Avec comme entré le fichiers suivant :
Code:
1
2
3
| >fasta
actgatcatgactgactagacvgayaaygaratcaaraayywytcgatcatagtactgca
tgactagctcgctcacgactg |
Lorsque que je lance le script tel quel, la fonction index(), me renvoie la valeur -1, alors que si je remplace l'argument $primer, par ça valeur, a savoir : "acvgayaaygaratcaaraayywytcg", il me renvoie bien la position 19, qui est exact.
[Ma question est donc, pourquoi lorsque je mets une variable il ne me trouve pas ma sous-chaîne??]<--Résolue
Et surtout, existe t'il une fonction en BioPerl permettant la recherche de motif entré par l'utilisateur?
Merci d'avance.
Mayeu
Edit : Bon je me suis auto résolue. En effet ma fonction StringToRegex avait aussi une variable nommé $primer et du coup cela modifier la mienne. Donc si je commenté la ligne ou j'utilisais ma fonction tout marché niquel (j'ai remarqué juste aprés avoir posté ^^). Donc voila je passe ne passe pas en résolue pour la deuxième question ;).
