garder description d'un fichier multifasta

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Re bonjour à tout le monde,
j'ai un fichier multifasta et je veux récupérer le tout pour l'insérer dans ma base de données et notamment la table transcript!
Ce fichier contient l'identifiant et la description du transcrit suivi de sa séquence! (il ya à peu près 35000 transcrits dans ce fichier).
Donc je voudrais un peu d'aide pour écrire un script pour pouvoir récupérer l'identifiant dans le champs identifiant, la description dans le champs description, et la séquence dans le champs séquence! Pour vs donner une petite idée du fichier fasta, voilà un exemple de son contenu pour un trancrit :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 >gi|124249439|ref|NM_001080875.1| Gallus gallus succinate dehydrogenase Ip (SDHB), mRNA AATTCCACTAGTTACGCGACCCCCGGAACCCAAAGACTTGGGTTTCCCGGGAGCTGCCCCGGTACGGCTC ATGAGTGGAGGACGTCATCAGCGGTGATGATTACTCGAATGGGGGATTCTATGGGGATTACAATGCGATG GTCGACCAAAATGGCGGCGGCCGTGGTGGGAGTCTCCTTGAGGCGCGGCGTCCCCGCGCGGTTCCTGAGG GCTGGGCTGCGGCCGGTGAGGGGACTGGAGGCGGTCCACGGGATCTGTCGAGGAGCTCAGACGGCGGCTG CAGCTACATCACGTATCAAGAAGTTTTCCATCTACAGATGGGATCCTGATAAGCCTGGGGACAAGCCCCG CATGCAGACCTATGAAGTGGATTTAAATAAATGTGGGCCTATGGTACTTGATGCTCTGATTAAGATTAAA AACGAGTTGGACTCCACTCTGACCTTCCGCAGGTCATGCAGGGAAGGCATCTGTGGCTCCTGTGCAATGA ACATTGCTGGTGGAAACACCCTGGCTTGTACTAAAAAAATTGACCCTGATCTCAGCAAGACCACTAAAAT CTACCCTCTCCCCCACATGTATGTGGTGAAGGATCTCGTTCCAGACTTGAGTAACTTCTACGCACAGTAC AAATCCATCGAGCCTTACCTGAAGAAGAAGGACGAGTCGAAACAGGGCAAGGAGCAGTACTTGCAATCCA TAGAAGACCGTCAGAAACTGGACGGACTCTATGAGTGCATCCTCTGTGCCTGCTGCAGCACCAGCTGTCC CAGTTACTGGTGGAATGGGGACAAGTACTTGGGTCCTGCTGTACTCATGCAGGCCTATCGCTGGATGATC GACTCCAGAGATGACTACACAGAGGAACGCCTGGCACAACTTCAAGACCCATTTTCTCTCTACCGTTGTC ACACTATCATGAACTGCACAAGGACTTGCCCAAAGGGTTTGAACCCTGGCAAAGCAATTGCTGAGATCAA GAAGATGATGGCAACTTACAAAGAGAAGGCAGCCGCTGCATAATGCTGTTCCCCGACTGGAAATGTAACA CACAAACATGCTTTACCTGGAAGTAACCTGCACTTGATTACACCTGGTTCCAGCAGGAATGTTGGTGTTT TTCCCATATGCTTGTGTGTACAATAAATGCTGTAAAGAACAAAAAAAA
Merci ;)

04/04/2007, 14h57
Leishmaniose

quel est le SGBD que tu utilises et surtout via quel interface (e.g. MySQL via phpmyadmin) ?
07/04/2007, 21h16
linalin

Je suis sur linux ubuntu et j'utilise mysql avec le terminal donc voilà tout! Tu penses que tu pourrais m'aider??
08/04/2007, 20h48
Leishmaniose
Bon je ne comprends réellement pas où est le problème surtout que tu utilises MySQL !!! le truc est très simple... Avec MySQL il est possible de charger les données dans une base à partir d'un fichier sachant que les données en question doivent être agencées d'une manière que le SGBD arrive à identifier chacun des enregitrements champs par champs. Pour ceci il existe ce qu'on appel les séparateurs par exemple si un fichier (data.txt) contient les données suivants :
Code:

1 2 3 4 1;data1;data11;data12 2;data2;data21;data22 3;data3;data31;data32 ....
il est possible de l'utiliser pour charger une table constituée de 4 champs et ce en utilisant le SQL suivant :

Code:

LOAD DATA LOCAL INFILE '/home/user/data_files/data.txt' INTO TABLE `ma_table` FIELDS TERMINATED BY ';' ESCAPED BY '\\' LINES TERMINATED BY '\r\n'

qui va permettre d'obtenir la table suivante :
Code:

1 2 3 4 champs1 | champs2 | champs3 | champs4 1 | data1 | data11 | data12 2 | data2 | data21 | data22 3 | data3 | data31 | data32
Partant de ce principe, il est possible et même judicieux d'utiliser Perl pour mettre en forme ton fichier source.

Bon avant d'aller plus loin je veux m'assurer que ça correspond bien à ce que tu cherches à faire !!

@+

Coucou,

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use FileHandle;
 
 
 
# Fichiers d'entrée et de sortie
#----------------------------------
 
my $File_In = "Fasta";
my $InFile = "P:/Perl/scripts/Files/$File_In.txt";
my $File_Out = "FichierPourDB";
my $OutFile = FileHandle->new (">P:/Perl/scripts/Files/$File_Out.txt");
 
 
 
# Ouverture du fichier fasta
#----------------------------------
open (FileFas,"$InFile")  or die "Can't open file\n";
 
 
 
 
# Lecture du fichier fasta
#----------------------------------
 
my $on =0;   # on ne passera pas dans le if lors du 1er passage
my $LineFas;
my $SequenceTotale;
my $gi;
my $Description;
 
while ($LineFas=<FileFas>)
{
 
        if($LineFas =~ /^>gi\|(\d+)\|ref\|[\w.]*\|\s*([\w\s\)\(]*)/)
        {
                 if ($on == 1) {print $OutFile ($gi."\t".$Description."\t".$SequenceTotale."\n")};
                 ($gi) =  $1;
                 ($Description) =  $2;
                 $on = 1;
        }
 
 
        if($LineFas =~ /^(\w*)\n/)
        {
                 my ($Sequence) =  $1;
                 $SequenceTotale = $SequenceTotale.$Sequence;
        }
 
 
}
 
# pour la dernière séquence
print $OutFile ($gi."\t".$Description."\t".$SequenceTotale."\n");
 
 
close;

La fonction LOAD DATA LOCAL INFILE prend par défaut le signe de tabulation comme séparateurs. Il te suffit donc de charger le fichier comme Leishmaniose te l'a indiqué sans aucun paramètre à la fonction.

Code:

1
2
CREATE TABLE ma_table (Gi VARCHAR(20), Description TEXT, Sequence LONGTEXT, PRIMARY KEY (Gi));
LOAD DATA LOCAL INFILE 'P:/Perl/scripts/Files/FichierPourDB.txt' INTO TABLE `ma_table`;

Bon travail,

Jasmine,

PS1: Je travaille sous windows, je ne sais pas si cela fonctionnera sous linux pour ce qui est de l'appel des fichiers, peut être faut-il utiliser l'antislash au lieu du slash

PS2: Sais-tu que tu peux aussi te connecter directement à Genbank, y faire ta requête via BioPerl puis charger les informations renvoyées dans une base de données sans passer par aucun fichier texte?

16/04/2007, 16h38
bigplayer

editeur perl ?

bonjour je voudrais tester un programme en perl.quel est l'editeur de perl et comment tester ce programme
merci d'avance.
16/04/2007, 18h55
Leishmaniose

Citation:

Envoyé par bigplayer

bonjour je voudrais tester un programme en perl.quel est l'editeur de perl et comment tester ce programme
merci d'avance.

Tout d'abord je ne vois pas de relation entre les multifasta et ton post, il serait donc plus adéquat à l'avenir de créer un nouveau sujet. Ensuite, ce qu'on écrit en perl constitue plutot un script qu'un programme. Enfin, pour ce qui est des éditeurs du langage Perl il en existe une multitude en commençant par le plus bête c'est à dire le notepad et je me rappel même avoir vu sur ce forum un post qui parlait des éditeurs pour perl, note qu'en googlant "editeur perl" tu auras une idée sur la panoplie, tu peux aussi utiliser la fonction recherche de ce forum (je t'assure que ça fonctionne correctement)... En ce qui concerne le test même du script, je suis désolé mais je ne suis pas devin donc je ne peux pas te dire comment faire si je ne connais pas le code, de tout façon commence par vérifier que tu as bien perl sur ta machine en tapant perl -v sur la console, si perl est bien installé tu auras des info. sur la version de perl sinon il faut commencer par le télécharger/installer ensuite tu pourra faire fonctionner tes scripts...

Code:

C:\perl>perl mon_script.pl

ou encore

Code:

C:\perl> perl mon_script.pl input.txt output.html

...

ceci dépend de ce qu'on appel le usage du script