CLUSTALDIR invite de commande

Version imprimable

06/03/2007, 12h32
Jasmine80

CLUSTALDIR invite de commande

Bonjour,

Pourriez-vous m'aider s'il te plait. Sous Windows XP dans la console comment accéder au csh et au bash?
Quelles sont les différences?

Set the environmental variable TMPDIR, programs like BLAST and clustalw need a place to create temporary files. e.g.:

setenv TMPDIR e:/cygwin/tmp # csh, tcsh
export TMPDIR=e:/cygwin/tmp # sh, bash

Cela vient du site http://www.bioperl.org/wiki/Installi...allation_Guide

Si je veux faire ceci

2. Define an environmental variable CLUSTALDIR which is a
directory which contains the 'clustalw' application:
In bash:

export CLUSTALDIR=/home/username/clustalw1.8

In csh/tcsh:

setenv CLUSTALDIR /home/username/clustalw1.8

du site http://search.cpan.org/~sendu/bioper...nt/Clustalw.pm

que représente le =/home/username?
Le programme clustal.exe que je veux placer dans CLUSTALDIR de trouve dans le répertoire c:\ClustalW
Comment placer dans la variable CLUSTALDIR cette information via l'invite de commande?

Merci,

Jasmine,
06/03/2007, 21h43
Leishmaniose

Salut,

Je ne dispose que d'une partie de réponse. En effet, concernant la création de variable d'environnement sous windows, il te sera utile de voir :

http://support.microsoft.com/kb/310519

Pour le reste je vois que tu essaye d''installer blast et clustalw sous cygwin... ché pas trop, moi j'ai essayé de faire presque la même chose c'est à dire installer wwwblast_server sous cygwin mais j'ai fini par abondonner faute de temps n'empêche que j'ai un ami qu'il l'a réussi. De toute façon je te souhaite bonne chance, sachant que pour moi j'ai abondonné quasiment là où t'es maintenant paske j'ai pas réussi à résoudre le problème du bash et du sh rapidement et puis le temps m'a manqué et puis voila. Tout ça pour dire que ton cas m'intéresse beaucoup et saches que je suivrai son évolution de près en éspérant que tu finisse par trouver le gral :wink:.

Bonne continuation

@+
06/03/2007, 23h12
mobscene

Créer une nouvelle variables d'environnement sous windows est très simple bon tu fait

panneau de config -> Performances et maintenance -> Système -> Onglet avancé -> variables s'environnement et hop tu crée un nouvelle variable pis vala

sinon un coup de ligne de commande c'est plus rapide

set nomvariable = "chemin vers executable par ex" (pas sur de la commande :aie: )

Coucou,

J'avance petit à petit.

1) j'ai créé la variable d'environnement

http://img443.imageshack.us/img443/2...staldirji4.png

2) j'ai essayé d'écrire un script

http://search.cpan.org/~sendu/bioper...nt/Clustalw.pm
http://search.cpan.org/~BIRNEY/biope...SimpleAlign.pm
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 #!/usr/local/bin/perl #-------------------------- RunClustalW.pl -----------------------------# use strict; use warnings; # Include a definition of an environmental variable CLUSTALDIR in # every script that will use this Clustalw wrapper module, e.g.: BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:/Clustalw/' } use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; # Build a clustalw alignment factory my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'dna', 'outfile' => 'P:/Perl/scripts/ClustalW/Files/TestRetour.fa'); my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> 'P:/Perl/scripts/ClustalW/Files/Test.fa', -format => 'Fasta'); my @seq_array =(); while ( my $seq = $str->next_seq() ) { push (@seq_array, $seq) ; } # and pass the factory a reference to that array my $seq_array_ref = \@seq_array; my $aln = $factory->align($seq_array_ref); # some descriptors print "Longueur\t". $aln->length, "\n"; print "Nbr de résidus\t". $aln->no_residues, "\n"; print "Flush\t". $aln->is_flush, "\n"; print "Nbr de séquences\t". $aln->no_sequences, "\n"; print "Pourcentage d'identité\t". $aln->percentage_identity, "\n"; print "Consensus\t". $aln->consensus_string(50), "\n"; close;
3) youpie il fonctionne

Citation:

CLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments

Sequence format is Pearson
Sequence 1: GB 1014 bp
Sequence 2: MySQL 1014 bp
Sequence 3: Split 1014 bp
Start of Pairwise alignments
Aligning...
Sequences (1:2) Aligned. Score: 2
Sequences (1:3) Aligned. Score: 2
Sequences (2:3) Aligned. Score: 99
Guide tree file created: [D:\DOCUME~1\xxx\LOCALS~1\Temp\LodXwLx5m1\K4w4zDLoNl.dnd]
Start of Multiple Alignment
There are 2 groups
Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:19247
Group 2: Delayed
Sequence:1 Score:9364
Alignment Score 12337
GCG-Alignment file created [d:\docume~1\xxxx\locals~1\temp\lodxwlx5m1\4h3nwligdx]
Longueur 1049
Nbr de résidus 105
Flush 1
Nbr de séquences 3
Pourcentage d'identité 61.4064602960969
Consensus ?TACCTCTCACTAGTGAGGGGCGGCAGCGCATCAA?GCGGTGAGCGCACTCCGGCACCGCC???AACTTTCAGCACATGCGTGTAAATCA?TCGTCGTAGAGACGTCGGAATGGCCGAGCAGAT?CCTGCACGGTTCGA

4) je vais essayer de comprendre comment cela fonctionne exactement
... ce qui est le plus compliqué
Je n'arrive pas encore à utiliser en paramètre la matrice IUB ou CLUSTALW pour des séquences d'ADN

Code:

my @params = ('ktuple' => 4, 'matrix' => 'IUB');

Jasmine,