Bioperl et GenPept

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22/02/2007, 11h53
lilybambina

Bioperl et GenPept

Bonjour à tous, :salut:

Je suis en M2 recherche Bioinfo, et je débute en Perl (*le contexte est posé* ;) )

J'aimerais automatiser des requête à partir de numéro gi, pour récupérer des fiches GenPept, et d'après ce que j'ai pu lire, je dois pouvoir le faire grâce à Bioperl.

Y'a t'il besoin d'installer autre chose que la version "de base" de bioperl?

Merci pour votre aide, et désolée si la question parait bête :oops:
22/02/2007, 12h54
stoyak

il faut que tu cherches dans BioPerl le module qui te serait utile .... à voir aussi s'il ne sera pas plus facile pour toi d'écrire ton propre script (au vu de ce que tu écris, je pense que c'est relativement facile)
22/02/2007, 13h57
lilybambina

Citation:

Envoyé par stoyak

à voir aussi s'il ne sera pas plus facile pour toi d'écrire ton propre script (au vu de ce que tu écris, je pense que c'est relativement facile

J'ai bien pensé à développer un petit script mais j'ai l'impression qu'on ne peut pas lancer de requêtes dans Batch Entrez autrement que par l'interface web, je me trompe??
Encore une fois, désolée si ma question est bête, je débute en programmation :roll:
22/02/2007, 14h03
stoyak

regarde le module LWP ... tu peux récupérer des pages web distantes et parser les résultats pour récupérer ce qui t'intéresse.
j'ai déjà fait ce genre de scripts ... si t'as besoin je te mettrai un exemple

hum est ce que ce genre de script ne te serait pas utile ?
Code:

1 2 3 4 5 6 7 use Bio::Perl; use Data::Dumper; # pas nécessaire, affiche juste l'objet my $seq_object = get_sequence('genpept',"AAR29049"); print Dumper $seq_object;
récupéré dans le tutorial bioperl

et comme ça ? :

Code:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
 
use Bio::DB::GenPept;
 
@liste_id = ('id1','id2'); # ta liste d'ID
 
foreach $id(@liste_id) {
 
    $gb = new Bio::DB::GenPept;
    $seq = $gb->get_Seq_by_id($id); # Unique ID
 
}

et donc pour répondre a ta question la version de base de BioPerl devrait suffir

03/03/2007, 19h43
lilybambina

Merci à tous pour vos réponses!
pour l'instant, la solution qui me parait la plus simple (vu mon niveau en perl :mouarf: ) et la plus adaptée, est celle de tygrou!

Enfin a priori je vais tester ça dans la semaine, je vous tiendrai au courant!

Merci encore! :D
22/03/2007, 10h07
lilybambina
Hello!

J'ai testé les deux solutions (celle de Tygrou et de Gardyen).
Je récupère bien quelque chose, mais j'ai plusieurs questions:
- comment afficher ce que contient mon résultat? Lorsque je fais un print de ma variable j'obtiens

Code:

Bio::Seq::RichSeq=HASH(0x8802edc)

J'imagine donc qu'il s'agit d'une hashtable, et pour l'afficher j'utilise:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 use Bio::Perl; use Data::Dumper; $id = 30021471; $db = 'genpept'; $seq_object = get_sequence('genpept', $id); print Dumper $seq_object;
Y'a t'il plus astucieux pour afficher le résultat de ma requête? 8O

et surtout, est-il possible de récupérer la fiche réellement au format Genpept tel qu'on l'obtient par le Batch entrez en ligne? :roll:

Je pose cette question car nous avons déjà des outils programmés pour tourner sur le format Genpept...

Merci pour vos réponses! ;)
22/03/2007, 10h11
lilybambina
J'ai oublié de préciser que j'utilise les fonctions existantes pour récupérer les données d'un champ particulier; par exemple:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 $seq_object = get_sequence('genpept', $id); $species = $seq_object->species; @classif = $species->classification; foreach(@classif){ print $_."\n"; }
Mais c'est assez lourd si on doit le faire pour tous les champs, yaurait-il une façon de faire "itérative" ?

J'espère être à peu près claire...

Citation:

Envoyé par lilybambina

est-il possible de récupérer la fiche réellement au format Genpept tel qu'on l'obtient par le Batch entrez en ligne?

ca c'est pas dur il te suffit d'utiliser Bio::SeqIO
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 use Bio::Perl; use Data::Dumper; $id = 30021471; $db = 'genpept'; $seq_object = get_sequence('genpept', $id); print Dumper $seq_object; $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">pathtooutputfile" , '-format' => 'GenBank'); $out->write_seq($seq_object);

22/03/2007, 15h30
lilybambina

Merci!!!

Ca marche impec! :king:
J'ai regardé sur CPAN pour réellement comprendre ce que faisaient les deux lignes de code que tu as ajouté, et j'avoue que toute seule je n'aurais vraiment pas compris qu'il fallait procéder comme ça...:oops:

Merci encore!

ps: pour info le lien vers la page CPAN sur Bio::SeqIO: http://search.cpan.org/~birney/biope...4/Bio/SeqIO.pm