retour d'ArrayList incorrect

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Bonjour !

Bonjour !

Je suis en train de manipuler des ArrayList<monObjet> .
Je veux créer un ArrayList "molecule" contenant des Acides Aminé.
Chaque Acide Amine est un ArrayList d'atomes.

Mon probleme, c"est que lorsque je fais un affichage a la fin du traitement, l'ArrayList "molecule", ne contient que des copies d'un AcideAminé : celui crée en dernier.
Je dois donc mal gérer des pointeurs ( ca existe en java ??) ou faire une erreur quelque part

Voici le code :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 while (ligne != null) { if (condition){ //Nouvel acide amine AcideAmine currentAA = new AcideAmine(ligne.substring(17,20).toCharArray()); while (autreCondition){ //Creation d'un objet Atom atomname = ligne.substring(13,16).toCharArray(); Atom atomTrouve = new Atom(atomname); //Ajout de l'atome dans l'AA courant currentAA.addAtom(atomTrouve); ligne = br.readLine(); } System.out.print("CurrentAA = "); currentAA.print(); aaArrayList.add(currentAA); currentAA = null ; //Au cas ou } } }
Je vous remercie d'avance pour votre aide !

09/01/2007, 09h13
maxf1

Dans ton code que tu as fournis, tu ne crée

Qu'un seul acideAminé, avec une arrayList d'atomes, c'est exact?
Donc si tu veux que l'on voit quelques chose de mal fait peut-etre faudrait-il donné le reste, ;)

Les pointeurs en java , 8O . En java les pointeurs existents mais tu ne peux pas les manipulés. En gros, on parle pas de pointeur mais de reference d'objet.
09/01/2007, 15h20
johnkhm

En fait, ce que je fais, c'est que je lis un fichier organisé de la maniere suivante :
Sur chaque ligne, il y a un atome, et un numero correspondant a l'acide aminé auquel il appartient.

A chaque fois que j'entre dans le premier while , je fais un

Code:

AcideAmine currentAA = new AcideAmine("nom")

ou AcideAmine est un arraylist avec des methodes définies

Tant que c'est le meme acide amine , j'ajoute au currentAA les atomes que je lis,
avec la methode de ArrayList : add();

Maintenant , quand je trouve un acide amine different, j'ajoute l'acide amine a un arraylist aaArrayList par la methode add(); et je reviens au premier while.

Donc logiquement , dans mon aaArrayList, j'ai un ArrayList avec tout les acides amines que j'ai lus, non ?

Par rapport au code , quelle partie manque t'il ? car je ne peux pas metttre tout le code , ca serait assez gros :p

Merci

A cet endroit là :

Code:

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AcideAmine currentAA = new AcideAmine(ligne.substring(17,20).toCharArray());
    while (autreCondition){ 
      //Creation d'un objet Atom	 
      atomname = ligne.substring(13,16).toCharArray();
      Atom atomTrouve = new Atom(atomname);
      //Ajout de l'atome dans l'AA courant
      currentAA.addAtom(atomTrouve);
      ligne = br.readLine();
    }

tu n'as pas oublié de faire un ligne = br.readLine(); avant d'entrer dans la boucle ?

09/01/2007, 16h20
maxf1

Il manquerait les parties qui sont succeptibles de modifier des variables de ce petit bout de code.
Comme autreCondition, br...

Schniouf :
Merci pour ta réponse, mais si je fais un "println" au fur et a mesure que j'entre les données dans le aaArrayList , j'obtiens les bons résultats , maintenant, lorsque je récupère le ArrayList une fois que le traitement est fini, toutes les cases sont les memes, et c"est la derniere case qui va écraser toutes les autres. Donc je pense plutot que l'erreur vienne de l'affectation , ou qu'il y aie un mauvais adressage d'objet , ou un truc dans le genre :p

MaxF1 :
voici la methode liremol en entiere , c'est surement un peu lourd, dsl

Code:

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//Attributs
public static ArrayList<AcideAmine> aaList;
public static File fichier;
public static float[] centre;
 
Molecule(File fic){   // <------ CONSTRUCTEUR
   aaList = new ArrayList<AcideAmine>();
   fichier = fic;
   centre = new float[] {0,0,0};
   aaList = lireMol();
   System.out.println("*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-");
   aaList.get(3).print();  // <---- Affichage pas bon
   System.out.println("*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-");
}
 
public ArrayList<AcideAmine> lireMol(){
   ArrayList<AcideAmine> aaArrayList = new ArrayList<AcideAmine>();
   aaArrayList.clear();
   aaList.clear();
   String ligne;
   char[] atomname;
   float x , y , z, xsum, ysum, zsum, nbatom;
   xsum = ysum = zsum = nbatom =0;
   int noAA;
   // Déclaration de la source 
   try {
      InputStream is = new FileInputStream(fichier);
      Reader r = new InputStreamReader(is);
      BufferedReader br = new BufferedReader(r);
      System.out.println("Début d'annalyse");
      ligne = br.readLine(); // <-------- Je lis la premiere ligne 
      //Parcours du fichier entier
      while (ligne != null){  // <-------- Tant qu'il reste des lignes
            if ((ligne.startsWith("ATOM")) & (ligne.charAt(16)!='B') ){ // <--- Petit filtre pour eliminer les mauvaises lignes
            noAA = Integer.valueOf(ligne.substring(23,26).trim());
            //Nouvel acide amine
            AcideAmine currentAA = new AcideAmine(ligne.substring(17,20).toCharArray());
            while ((Integer.valueOf(ligne.substring(23,26).trim()) == noAA) & (ligne.startsWith("ATOM"))){  /// < -------- Tant que je suis dans le meme acide amine
               //Creation d'un objet Atom
               atomname = ligne.substring(13,16).toCharArray();
               x = Float.valueOf(ligne.substring(32,38));
               y = Float.valueOf(ligne.substring(40,46));
               z = Float.valueOf(ligne.substring(48,54));
               Atom atomTrouve = new Atom(x,y,z,atomname);
               //Ajout de l'atome dans l'AA courant
               currentAA.addAtom(atomTrouve); // <------ J'ajoute l'atome dans l'acide amine
               //Centrage de la molecule
               xsum+=x;
               ysum+=y;
               zsum+=z;
               nbatom++;
               ligne = br.readLine(); //  <------ Ligne suivante
               }
            currentAA.setBondList();//  <-------- remplit un tableau dans l'objet cirrentAA
            System.out.print("CurrentAA = ");
            currentAA.print(); // <-------------*** AFFICHAGE CORRECT !!!  ***
            aaArrayList.add(currentAA);  // <------- ERREUR ICI ???
            currentAA = null ; //au cas ou
            }		
      if (ligne.startsWith("ATOM")== false ){
      ligne = br.readLine();
      }
   }
   centre[0]= xsum/nbatom;
   centre[1]= ysum/nbatom;
   centre[2]= zsum/nbatom;
   System.out.println("Fin d'annalyse");
   is.close();
   } catch (FileNotFoundException e) {
   e.printStackTrace();
   } catch (IOException e) {
   // TODO Auto-generated catch block
   e.printStackTrace();
   }
   return aaArrayList;   // <----- Tableau mal rempli ici
}

maintenant si je fais un affichage aaArrayList , le dernier element sera répété plein de fois ( taille du tableau )

Merci ;)
Ca me dépane enormement , je bloque dessus depuis quelques jours ....

09/01/2007, 18h11
yann2

Bonjour

Tu crées bien un nouvel AA à chaque tour, il n'y a pas de doute.
Pour être sûr qu'il ne s'agit pas du même objet, tu peux faire un affichage de hashCode() dans la méthode print de AcidAmine (si hashCode n'est pas redéfini dans la classe AcidAmine).

Sinon, j'espère que les attributs de la classe AcidAmine ne sont pas static (d'ailleurs ce n'est pas possible ce que je viens de dire).

[edit]On peut voir la classe AcidAmine ? J'ai un gros doute sur la bonne utilisation de la POO...:aie: [/edit]

Voici la classe AcideAmine :

Code:

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import java.util.ArrayList;
 
 
public class AcideAmine {
 
	public static char[] nomAA ;
	public static ArrayList<Atom> atomList;
	public static ArrayList<int[]> bondList;
 
 
	public AcideAmine(char[] name){
 
		nomAA = name;
		atomList = new ArrayList<Atom>();
		bondList = new ArrayList<int[]>();
	}
 
	public void setBondList(){
		char[]atomName = new char[3];
		int[] bond = new int[2];
 
		// N - Ca
		bond[0]=0;
		bond[1]=1;
		bondList.add(bond);
		// Ca - C
		bond[0]=1;
		bond[1]=2;
		bondList.add(bond);
		// C - O 
		bond[0]=2;
		bond[1]=3;
		bondList.add(bond);
		// Ca - Cb
		bond[0]=1;
		bond[1]=4;
		bondList.add(bond);
 
 
		for (int i=4 ; i < atomList.size();i++){
			atomName = atomList.get(i).getAtomName();
			if (atomName[2]!=' '){
				bond[0]=i;
				bond[1]=i-atomName[2];
				bondList.add(bond);
			}
		}
 
	}
 
	public void addAtom(Atom atom){
		atomList.add(atom);
	}
 
	public int size(){
		return atomList.size();
	}
 
	public Atom getAtom(int i){
		return atomList.get(i);
	}
 
	public void print(){
		System.out.println(nomAA);
	}
 
	public char[] getAAName(){
		return nomAA;
	}
}

Je ne sais pas trop comment ca marche les hashcode() donc je v voir la doc et je posterai les résultats

Merci !!

09/01/2007, 18h21
yann2
Re,

C'est bon, j'avais vu juste...
Code:

1 2 3 4 public static char[] nomAA ; public static ArrayList<Atom> atomList; public static ArrayList<int[]> bondList;
Le fait de mettre static fait que les variables sont les mêmes pour toutes les instances de la classe (D'où le nom variable de classe).

Remplace par
Code:

1 2 3 4 private char[] nomAA ; private ArrayList<Atom> atomList; private ArrayList<int[]> bondList;
Le private je ne sais pas si ça passera à la compile vu que je n'ai pas tout ton code.
Il va te falloir un peu de lecture sur la POO.

bon courage.
09/01/2007, 18h32
johnkhm

SUPER !!!

Du coup , ca marche et en plus je viens de comprendre static :P

MERCI BEAUCOUP !!! J'aurais jamais trouvé tout seul , sauf si par hasard je tombais sur une definition de static lol

Re Merci !