Les guillemets tu n'as aucune chance que ça marche en unix/linux.
Quand tu le lances en ligne de commande, ton shell les interprète et les enleve, mais java non quand tu le lances par process.
La solution : je suppose que tes valeurs sont dans des fichiers de config. Pourquoi tu n'aurais pas dans la valeur windows des " et pas dans celle d'unix ?