[langage] expression régulière combinée à index

Bonjour,

J'interroge ma base de donnée et j'y recherche la séquence de mon amorce dans une séquence. cela fonctionne très bien pour une amorce unique. Maintenant, j'aimerais pouvoir y rechercher des séquences d'amorces dégénérées.

Voici ma séquence à trouver ggagaaRgttcacgttgaYat mais Perl peut il reconnaitre le R (=a ou g) et le Y (=t ou c).
En fait j'ai 4 séquences différentes à rechercher:

Code:

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1 2 3 4 5

my ($AmorceSens1)="ggagaaGgttcacgttgaTat"; my ($AmorceSens2)="ggagaaAgttcacgttgaCat"; my ($AmorceSens3)="ggagaaGgttcacgttgaCat"; my ($AmorceSens4)="ggagaaAgttcacgttgaTat";

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my($s)=index(@row->[1],'GGAGAAAGTTCACGTTGACAT');

@row->[1] contient ma séquence entière d'ADN
GGAGAAAGTTCACGTTGACAT est une des 4 amorces à trouver


Je peux y parvenir en y faisant 4 recherches mais serait il possible de
- soit dire à BioPerl que je travaille sur de l ADN afin qu'il sache à quoi correspondent mon R et mon Y
- soit créer une expression régulière dans ma recherche d'index pour qu'il recherche un A ou un G et ensuite un C ou un T.

J'aimerais aussi savoir si on peut la recherche insensible à la casse (majuscule et minuscule). Je dois utiliser l'option i (/gi).

Est-il correcte d'écrire

Code:

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my ($AmorceSens)=~"ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/gi";

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Mon programme m'indique aussi que j'utilise une array sans y mettre le @
"using an array as deprecated "
Pourtant, j'ai bien mis le @ à row, il m'indique en erreur ma ligne

Code:

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my($s)=index(@row->[1],'TTAATTGAACAAAAGAGTTA');

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Merci beaucoup,

Jasmine,

Bonjour.

Ah, la bioinformatique... Un domaine que j'aurais bien aimé étudier... Tu as de la chance d'en faire ;)
Pour répondre à ta question

Code:

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my ($AmorceSens)=~"ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/gi";

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N'est pas correct. Déjà, je ne comprend pas pourquoi tu utilises des guillemets dans ta regex. Ensuite, ça ne veut pas dire grand chose...

L'opérateur bind =~ lie une expression à une regex. C'est à dire qu'il faudrait normalement que $AmorceSens contienne la chaîne à laquelle tu veux appliquer la recherche. Or ce n'est pas possible puisque tu viens d'initialiser ta variable avec my...
Ou alors, ce que tu veux faire, c'est entrer dans $AmorceSens la regex que tu voudras utliser. Dans ce cas, fais comme ceci :

Code:

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my $AmorceSens = 'ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/g';

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Mettre des parenthèses autour de $AmorceSens signifie que tu souhaites une interprétation en contexte de liste, or une chaîne de caractère est un scalaire.

Ensuite, fais comme ceci pour utiliser ta regex sur une séquence :

Code:

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$sequence =~ m/$AmorceSens/ #retourne 0 ou 1

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Ensuite, row[1] est un tableau ou une chaine de caractère ? Si c'est comme je le pense une chaine de caractère (la séquence en question), alors il faut mettre un $ comme sigil et non une @ : $row[1].

J'espère avoir répondu à tes questions. Si ce n'est pas le cas, dit le ;)

Citation:

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Envoyé par Woufeil

Code:

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my $AmorceSens = 'ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/g';

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Ce serait pas plutôt :

Code:

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my $AmorceSens = 'ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at';

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sans le "/g" à la fin ?

Euh, si, tu as tout à fait raison, j'y avais pas fait attention :oops:

Merci beaucoup, je vais essayer.

En effet j'ai une array @row et $row[0] est un scalaire. Je vais changer, merci.

Et pour être insensible à la casse dans une recherche d'index comment puis-je faire? Est ce aussi gi comme dans les expressions régulières?

Code:

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my $AmorceSens='ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at';

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et pour avoir l'index de cette séquence

Code:

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my($s)=index($row->[1], $AmorceSens); #$row->[1] contient une grande séquence

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Merci pour votre aide.

Jasmine,

pour etre insensible à la casse avec autre chose qu'une regexp le mieux est de tout passer en minuscules pour le test (à la fois ce que tu cherche et ce dans quoi tu le cherche), avec lc()

Citation:

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Envoyé par Jasmine80

Code:

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my($s)=index($row->[1], $AmorceSens); #$row->[1] contient une grande séquence

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Encore une fois, je ne comprend pas pourquoi tu utilises des parenthèses pour déclarer ta variable $s. index retourne un nombre, donc un scalaire. Tu ne dois donc pas mettre les parenthèses, qui forcent le contexte de liste.
my $var et my ($var) sont deux expression différentes ! Teste ceci pour t'en rendre compte :

Code:

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my @tab = ("Elem1", "Elem2", "Elem3"); my $var1 = @tab; my ($var2) = @tab; print "var1 vaut $var1 ; var2 vaut $var2";

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Sinon, comme le dit pospos, met tout en miniscule pour être insensible à la casse ;)

Merci beaucoup pour vos réponses, je vais essayer.

Code:

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1 2 3 4

my @tab = ("Elem1", "Elem2", "Elem3"); my $var1 = @tab; my ($var2) = @tab; print "var1 vaut $var1 ; var2 vaut $var2";

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Me donne

var1 vaut 3 ; var2 vaut Elem1

C'est bien différent, je n'avais pas compris. Je viens de tout rechanger dans mon script et à l'avenir je ferai attention. Mais dans ce cas quand utilise t on des parenthèses? Vu que my ($var2) = @tab; me donne $tab[0] à quoi cela peut il servir d'utiliser des parenthèses?


Merci, je devrait pouvoir me débrouiller maintenant, je vous tiens au courant.

Jasmine,

c'est une question de contexte: contexte de liste ou contexte scalaire.
par exemple si tu fait $a = @b alors tu aura dans $a le nb d'elements de @b (contexte scalaire), alors que si tu fais @c = @b tu aura une copie complete (contexte de liste), et de meme si tu fais ($a) = @b tu place egalement l'operation en contexte de liste et tu recupere le primier element.
Cette notion de contexte se retrouve dans beaucoup de fonctions en perl (cf wantarray() ).
Et ca n'est meme pas encore aussi simple, car il y a une differrence entre liste et array. Par exemple $a = (10,20,30) ne mettra pas dans $a le nb d'elements, mais le dernier element de la liste, car il s'agit d'une liste et non d'un array (un array est une liste stockée dans une variable)

Code:

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1 2 3 4 5

my @tab = ("Elem1", "Elem2", "Elem3"); my $var1 = @tab; my ($var2) = @tab; print "var1 vaut $var1 ; var2 vaut $var2";

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dans ce cas, $var1 vaut le nombre d'entrées dans ton tableau @tab.
($var2) vaut le premier élément de ton tableau

je te conseille l'écriture suivante:

Code:

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1 2 3 4 5

my @tab = ("Elem1", "Elem2", "Elem3"); my $nb_cases = @tab; # nb de cases du tableau @tab my $case1 = $tab[0]; # valeur de la première case du tableau my $case3 = $tab[2]; # valeur de la troisieme case du tableau

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Voilà!

Code:

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my @row; while (@row=$sth->fetchrow_array)   { $i++; my$s=index($row->[1],'GGGAAAAGAGTTCCGTCCAT');

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Avec @row->[1], le programme fonctionnait très bien mais me disait "using an array as a reference deprecated". J'ai remplacé @ par $ et maintenant cela ne fonctionne plus du tout et me dit "global symbol $row requires explicit package name". Pourriez vous m'aider s'il vous plait. Merci


Jasmine.

$row[1]

Merci, cela fonctionne, je peux clore le sujet.