Citation:
In addition, one limitation of natively compiled Eclipse deserves mention. You can't use natively compiled Eclipse to debug a GCJ-compiled application, because JDWP, the Java Debug Wire Protocol used by Eclipse, hasn't been implemented in libgcj yet.
Si tu as envie de débugger ton application, il faut que tu installes un JRE classique comme celui de Sun, et que tu lances ton application en spécifiant que tu veux utiliser cet alternate JRE ( celui de Sun ) pour debugger. Et normalement ça devrait le faire.