problème avec seaborn

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15/12/2024, 18h35
Simon_33

problème avec seaborn
Bonjour

J'ai tenté d exécuter un vieux script avec seaborn et j'ai le message suivant lors de l'import :

Code:

import seaborn as sns

ImportError Traceback (most recent call last)
Cell In[1], line 1
----> 1 import seaborn as sns

File ~\anaconda3\lib\site-packages\seaborn\__init__.py:5
3 from .utils import * # noqa: F401,F403
4 from .palettes import * # noqa: F401,F403
----> 5 from .relational import * # noqa: F401,F403
6 from .regression import * # noqa: F401,F403
7 from .categorical import * # noqa: F401,F403

File ~\anaconda3\lib\site-packages\seaborn\relational.py:21
13 from .utils import (
14 adjust_legend_subtitles,
15 _default_color,
(...)
18 _scatter_legend_artist,
19 )
20 from ._compat import groupby_apply_include_groups
---> 21 from ._statistics import EstimateAggregator, WeightedAggregator
22 from .axisgrid import FacetGrid, _facet_docs
23 from ._docstrings import DocstringComponents, _core_docs

File ~\anaconda3\lib\site-packages\seaborn\_statistics.py:28
1 """Statistical transformations for visualization.
2
3 This module is currently private, but is being written to eventually form part
(...)
25
26 """
27 from numbers import Number
---> 28 from statistics import NormalDist
29 import numpy as np
30 import pandas as pd

ImportError: cannot import name 'NormalDist' from 'statistics'

Est ce que le problème vient de la version de python ? je suis en 3.8.12.
Le module statistics a changé ?
En plus je n'arrive pas a reinstaller une version seaborn dans mon profile anaconda avec conda install...

Mon module statistique ne contient pas NormalDist ...? pourquoi ?
Code:

1 2 3 import statistics print('NormalDist' in dir(statistics)) False
Une idée ?
Merci
15/12/2024, 18h58
fred1599

Hello,

Quelle est votre version de seaborn ?
15/12/2024, 19h03
Simon_33

Citation:

Envoyé par fred1599

Hello,

Quelle est votre version de seaborn ?

'0.13.2'

J'ai commenté le module statistics et la fonction _compute_ qui utilisait NormalDist. Juste pour faire afficher le graphe.
Mais je crois que mon env est inconsistant ...
et le conda anaconda install ne marche pas ...???

The environment is inconsistent, please check the package plan carefully
The following packages are causing the inconsistency:

- defaults/win-64::anaconda-cloud-auth==0.5.1=py38haa95532_0
- defaults/win-64::anaconda==custom=py38_3
- defaults/win-64::anaconda-navigator==2.5.0=py38haa95532_0
- conda-forge/win-64::cartopy==0.17.0=py38hde43876_1009
- defaults/win-64::jupyter==1.0.0=py38haa95532_9
- defaults/win-64::jupyterlab==3.6.3=py38haa95532_0
- defaults/win-64::jupyterlab_server==2.27.3=py38haa95532_0
- defaults/win-64::numpydoc==1.5.0=py38haa95532_0
- defaults/noarch::owslib==0.24.1=pyhd3eb1b0_0
- conda-forge/noarch::rioxarray==0.13.4=pyhd8ed1ab_0
- defaults/win-64::sphinx==5.0.2=py38haa95532_0
- defaults/win-64::spyder==5.0.5=py38haa95532_2
- conda-forge/noarch::voila==0.3.7=pyhd8ed1ab_0
- defaults/win-64::_anaconda_depends==2020.07=py38_0
- defaults/win-64::_ipyw_jlab_nb_ext_conf==0.1.0=py38_0

ca fait peur ....!!!??
15/12/2024, 19h22
fred1599

Pourquoi ne pas créer un nouvel environnement en python 3.8 avec seaborn tout simplement ?
15/12/2024, 19h43
wiztricks

Citation:

Envoyé par Simon_33

Mon module statistique ne contient pas NormalDist ...? pourquoi ?

C'est un module standard de python et votre version est à priori trop vieille.
Ceci dit, une recherche sur le Web vous l'aurait indiqué: exemple (la lecture des releases notes aussi).

- W
15/12/2024, 20h58
Simon_33

Citation:

Envoyé par fred1599

Pourquoi ne pas créer un nouvel environnement en python 3.8 avec seaborn tout simplement ?

car env inconsistant.
15/12/2024, 21h11
papajoker

:ptdr:
parce que python 3.8 et anaconda c'est du solide :roll:

justement un virtual env est justement quelque chose de solide. J'espère que c'est de la mauvaise foi parce que tu ne maitrises pas... sinon il y a quelque chose qui m'échappe.

Sinon, existe l'artillerie "lourde" :oops: puisque tu es sous linux : un conteneur docker ...
15/12/2024, 23h03
wiztricks

Citation:

Envoyé par papajoker

justement un virtual env est justement quelque chose de solide.

Un environnement venv mettra peut être de côté inconsistances des bibliothèques mais ne fera pas de mise à jour de python.

NormalDist a été ajouté dans les mises à jour de la 3.8 (quasi certain mais non testé qu'il soit dans la 3.8.20 - la dernière - et visiblement pas dans la 3.8.12).

- W

rapide test avec uv (article)

créer un fichier pyproject.tom

Code:

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#pyproject.toml
[project]
name = "test"
version = "0.1.0"
authors = [  {name = "moi"} ]
description = "change de versions de python et de paquets(par date)"
requires-python = "==3.8.2"
dependencies = [
    "seaborn",
]
 
[tool.uv]
link-mode = "hardlink"
exclude-newer = "2020-12-11T00:00:00Z"

test install est ok

Code:

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uv sync # ou uv add seaborn  # en commande terminal
 
Using CPython 3.8.2
Removed virtual environment at: .venv
Creating virtual environment at: .venv
Resolved 13 packages in 618ms
Prepared 10 packages in 6.46s
░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░ [0/12] Installing wheels...                                                                                                                                   
Installed 12 packages in 101ms
 + cycler==0.10.0
 + kiwisolver==1.3.1
 + matplotlib==3.3.3
 + numpy==1.19.4
 + pandas==1.1.5
 + pillow==8.0.1
 + pyparsing==2.4.7
 + python-dateutil==2.8.1
 + pytz==2020.4
 + scipy==1.5.4
 + seaborn==0.11.0
 + six==1.15.0

commande tree .venv

Code:

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.venv
├── bin
│** ├── activate
...
│** ├── python -> /home/patrick/.local/share/uv/python/cpython-3.8.2-linux-x86_64-gnu/bin/python3.8
│** ├── python3 -> python
│** └── python3.8 -> python
...
│**         ├── matplotlib-3.3.3-py3.8-nspkg.pth
...
│**         ├── pytz-2020.4.dist-info
│**         │** ├── DESCRIPTION.rst
 
...
│**         ├── seaborn-0.11.0.dist-info
│**         │** ├── INSTALLER

Pas de code pour tester si fonctionnel mais si cette "vieille"(python et paquets) install est passée, les deps sont bonnes

uv python list pour voir les version disponible : 3.7 .. 3.13

Et avec changement de la date : 2022 ?

Code:

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uv sync # ou uv add seaborn
Ignoring existing lockfile due to change in timestamp cutoff: `2020-12-11T00:00:00Z` vs. `2022-12-11T00:00:00Z`
Resolved 15 packages in 1.43s
Prepared 14 packages in 5.14s
Uninstalled 11 packages in 31ms
░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░ [0/14] Installing wheels...  
Installed 14 packages in 73ms
 + contourpy==1.0.6
 - cycler==0.10.0
 + cycler==0.11.0
 + fonttools==4.38.0
 - kiwisolver==1.3.1
 + kiwisolver==1.4.4
 - matplotlib==3.3.3
 + matplotlib==3.6.2
 - numpy==1.19.4
 + numpy==1.23.5
 + packaging==22.0
 - pandas==1.1.5
 + pandas==1.5.2
 - pillow==8.0.1
 + pillow==9.3.0
 - pyparsing==2.4.7
 + pyparsing==3.0.9
 - python-dateutil==2.8.1
 + python-dateutil==2.8.2
 - pytz==2020.4
 + pytz==2022.6
 - seaborn==0.11.0
 + seaborn==0.12.1
 - six==1.15.0
 + six==1.16.0

comme ok avec 2024, mais plus de paquets installés "Uninstalled 14 packages in 41ms , Installed 17 packages in 85ms"

17/12/2024, 10h09
wiztricks

Citation:

Envoyé par papajoker

Pas de code pour tester si fonctionnel mais si cette "vieille"(python et paquets) install est passée, les deps sont bonnes

L'outil est intéressant mais il dit juste que pour python 3.8.2, il faudrait utiliser une version plus ancienne (0.11.0) de seaborn.

Et si on tient à utilise la version de seaborn 0.13.2 (parce que l'application utilise des fonctionnalités spécifiques à cette version), il faudrait(*) au moins une version de python 3.8.20 (qui devrait inclure la classe NormalDist dans le module statistics).

(*) impossible de récupérer le kit windows pour cette version sur python.org! Il y a un kit pour les versions <= 3.8.10, pour les autres, il faut partir du tarball et compiler...

Ceci dit, 3.8 n'étant plus maintenue, utiliser une version plus récente (de python) sera la solution (au problème initial)

- W
17/12/2024, 16h40
papajoker
Citation:

Envoyé par wiztricks

L'outil est intéressant mais il dit juste que pour python 3.8.2, il faudrait utiliser une version plus ancienne (0.11.0) de seaborn.

Non, ma démo était plus générale et propose justement python 3.8 avec la dernière version de seaborn !

dans le fichier pyproject.toml :
J'ai utilisé une date (pour les paquets) car on ne connait pas forcément la version que l'on utilisait il y a xx années.

J'ai édité la ligne (en changeant l'année) , pas changé la version de python (3.8)

Code:

exclude-newer = "2020-12-11T00:00:00Z"

ps: forcer une version dans le paragraphe "dependencies" revient au même

La sortie indiquait pour :
2020 -> seaborn==0.11.0 (12 paquets)
2022 -> seaborn==0.12.0 (14 paquets)
2024 -> seaborn== ??? (17 paquets) # je n'ai pas recopié la sortie ici (et rien sauvegardé : test fait dans /tmp/)

Comme indiqué dans le commentaire, il est bien sûr aussi simple de forcer une version de python (ici 3.8 n'était qu'un exemple!).

Éditer le fichier toml et la commande uv sync va prendre quelques secondes pour actualiser le répertoire ".venv". Donc, on peut tester ce que l'on désire.
Après, c'est au demandeur de remplir le toml en fonction de ces attentes : Peut-être qu'il ne désire qu'un déploiement sans aucune retouche de son code ? -> paquets a la date du dev et tester avec le dernier python ...
Vu le temps pour régénérer le venv, c'est simple de faire des tests.
Et si il désire la dernière version de seaborn, il a un environnement fonctionnel pour modifier son code (même environnement pour aussi le déploiement)

Citation:

Envoyé par wiztricks

Ceci dit, 3.8 n'étant plus maintenue, utiliser une version plus récente (de python) sera la solution (au problème initial)

mon test
Code:

1 2 description = "change de versions de python et de paquets(par date)" requires-python = "==3.8.2"
Je n'ai juste pas donné de sorties avec python supérieur (cela me semble évident qu'il faut tester avec plus récent)
Ici j'ai forcé "3.8" uniquement pour montrer qu'il était aussi possible de forcer le version de python désirée(/fonctionnelle), en aucun cas je ne pense que c'est un bon choix. Et puisque je n'ai même pas écrit un code python qui l'utilisait, je ne peux en aucun cas confirmer que le combo 3.8 et seaborn version xx fonctionne (le demandeur à son code)
17/12/2024, 18h12
wiztricks

Citation:

Envoyé par papajoker

Non, ma démo était plus générale et propose justement python 3.8 avec la dernière version de seaborn !

La dernière version de seaborn est la 0.13.2 (téléchargeable sur Pypi).

Cette version - supposée fonctionner avec Python 3.8+ - a besoin de la classe NormalDist' dans le module 'statistics' ajoutée dans les releases intermédiaires de la 3.8 (il y en a 20!)

Elle ne fonctionne pas avec Python 3.8.12 (celle du PO) et ne fonctionnera pas non plus avec des versions plus anciennes.
Elle devrait fonctionner avec une 3.8.20 (à tester si on trouve le kit)...

Comme 3.8 n'est plus supportée (et les versions anciennes de seaborn probablement non plus) quite à installer une nouvelle version de python autant aller sur une 3.12.

Mais merci pour la demo.
- W

Fait le test (sous linux)

Code:

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#!/usr/bin/env python
import sys
import statistics
 
print("python:", sys.version)
print(statistics.NormalDist())

J'ai quelques versions dans mon cache:

Code:

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uv python list --only-installed
cpython-3.12.7-linux-x86_64-gnu                 /usr/bin/python3.12
cpython-3.12.7-linux-x86_64-gnu                 /usr/bin/python3 -> python3.12
cpython-3.12.7-linux-x86_64-gnu                 /usr/bin/python -> python3
cpython-3.8.20-linux-x86_64-gnu                 /home/patrick/.local/share/uv/python/cpython-3.8.20-linux-x86_64-gnu/bin/python3.8
cpython-3.8.2-linux-x86_64-gnu                  /home/patrick/.local/share/uv/python/cpython-3.8.2-linux-x86_64-gnu/bin/python3.8
cpython-3.7.9-linux-x86_64-gnu                  /home/patrick/.local/share/uv/python/cpython-3.7.9-linux-x86_64-gnu/bin/python3.7 -> python3.7m

Code:

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uv run -q --python "<=3.7.9" main.py
python: 3.7.9 (default, Aug 23 2020, 00:57:53) 
[Clang 10.0.1 ]
Traceback (most recent call last):
  File "main.py", line 14, in <module>
    print(statistics.NormalDist())
AttributeError: module 'statistics' has no attribute 'NormalDist'

Que la 3.7 ne passe pas ... "Aug 2020" KO mais ... "Apr 2020" OK

Code:

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 uv run -q --python "<=3.8.2" main.py
python: 3.8.2 (default, Apr 18 2020, 22:44:41) 
[Clang 10.0.0 ]
NormalDist(mu=0.0, sigma=1.0)

Code:

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uv run -q --python "<=3.8.20" main.py
python: 3.8.20 (default, Oct  2 2024, 16:34:12) 
[Clang 18.1.8 ]
NormalDist(mu=0.0, sigma=1.0)

NOTE: il est possible de tester aussi d'autres versions qui ne sont pas dans le cache :

Code:

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uv run -v --python "==3.8.3" main.py
Reading inline script metadata from `main.py`
DEBUG Using Python request `==3.8.3` from explicit request
INFO Fetching requested Python...
DEBUG Downloading https://github.com/indygreg/python-build-standalone/releases/download/20200517/cpython-3.8.3-x86_64-unknown-linux-gnu-pgo-20200518T0040.tar.zst to temporary location: /home/patrick/.local/share/uv/python/.temp/.tmp3BJAbx
DEBUG Extracting cpython-3.8.3-x86_64-unknown-linux-gnu-pgo-20200518T0040.tar.zst

Code:

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uv run -v --python "==3.8.1" main.py
DEBUG Using Python request `==3.8.1` from explicit request
DEBUG Requested Python not found, checking for available download...
...
error: No interpreter found for Python ==3.8.1 in virtual environments, managed installations, or search path

Comme on peut le voir en mode DEBUG ou dans la doc, les interptéteurs ici avec uv sont téléchargés depuis astral " python-build-standalone " (developpeur de uv)

PS: test sans intéret puisque utiliser la 3.8 ...:mouarf: nous sommes bien d'accord

17/12/2024, 20h13
wiztricks

Du coup, j'ai aussi testé avec ce que j'avais sous Windows et from statistics import NormalDist ne plante pas avec une 3.8.0.

Ce qui est bizarre, c'est de trouver des entrées dans SOV et des releases notes qui disent que ce NormalDist a été introduit après la 3.8.0...

Ce qui donne à penser que le python 3.8.12 du PO a bien vécu... mais ça ne change pas trop la solution: mettre à jour python.

- W
17/12/2024, 20h42
papajoker

mais il avait écrit

Citation:

Envoyé par Simon_33

n'arrive pas a reinstaller une version seaborn dans mon profile anaconda avec conda install...

Donc il est déjà dans un virtuel env :roll: et conda lui aussi peut forcer une version de python "conda (create)install python=3.10"
il a ces propres binaires ??? (anaconda et non python) avec un 3.8 "particulier" ?
18/12/2024, 08h40
wiztricks

Citation:

Envoyé par papajoker

il a ces propres binaires ??? (anaconda et non python) avec un 3.8 "particulier" ?

On ne sait pas.
En tout cas, le module statistics livré en standard a été corrompu ou ce n'est pas le bon qui est récupéré par import (ce qui donne une autre piste de recherche).

- W