Trouver un empilement novateur
Bonjour à tous,
La répétabilité et la fidélité sont des caractéristiques essentielles dans l’acquisition de données.
Mais un capteur numérique n’a pas une réponse homogène et constante, de plus il a ses différents bruits qui sont variables aussi, et entre l’optique et l’objet des variations d’environnement type turbulences existent également.
Seule la réponse de l’optique peut être considérée comme fixe, encore faut-il qu’elle soit homogène sur tout le champ ce qui rarement le cas. Mais bon, coté optique c’est hors de ce sujet.
En conséquence, la prise d’un grand nombre de vues est la solution pour extraire le signal de l’objet des fausses informations contenues dans chaque image individuelle.
Côté empilement d'images, après centrage et alignement des images, ImagesJ contient plusieurs outils d’empilement.
Pour un Stacks, la première solution est le Z Project…
- soit par Average Intensity
- soit par Max Intensity
- soit par Min Intensity
- soit par Sum Slices
- soit par Median
- ou soit encore par Standard Deviation
Sum et Average c’est la même chose puisque Average = Sum / nombre d’images
Min correspond à la valeur mini de la série pour chaque pixel de coordonnées X et Y
Max correspond à la valeur max de la série pour chaque pixel de coordonnées X et Y
Median correspond à la valeur milieu de l’intervalle [valeur min*; valeur max] de la série et ce pour chaque pixel de coordonnées X et Y.
Dans ImageJ j’ai trouvé Stack Focuser qui se veut pour une zone donnée de retrouver l’image la plus nette. C’est un peu comme les logiciels dédiés à la macroscopie qui permettent de par la profondeur de champ réduite dans chaque image et un ensemble d’images à focalisations différentes, d’obtenir l’objet net sur toute sa profondeur. Sauf que ces logiciels dédiés à l'imagerie macro les plus efficaces utilisent l’IA.
A ma connaissance, face au problème, seules les lois de la statistique permettent de se rapprocher de la vérité si l’échantillonnage est suffisamment grand, par exemple plusieurs milliers d’images dans des conditions turbulentes ou fortement bruitées.
Dans ImageJ je n’ai pas trouvé d’outil d’empilement d’images basé sur une loi de statistique.
Peut-être en existe-t-il, je ne sais pas*?
ImageJ semble démuni face aux empilements d'images par statistique.
Une image étant un tableau dont chaque case correspond à l’intensité d’un pixel.
Dans une série d’images, pour chaque pixel de coordonnées X et Y , ImageJ sait déjà extraire la liste des valeurs dans un tableau ligne ou colonne pour en calculer la somme ou la moyenne, soit y trouver la valeur min ou max, ou encore retrouver la valeur médiane.
De cette liste de valeurs il me paraît tout à fait envisageable d’y appliquer plutôt une formule de statistique. Cet empilement appelé «*statistique*» doit forcément être plus représentatif de l’objet que ces outils d’empilement très classiques.
Quelqu’un peut-il m’aider*pour obtenir un tel plugin ?
Bien cordialement
cpi63
