Réparer le header d'un fichier edf automatiquement

Bonjour,

Je cherche en fait à travailler sur un ensemble de fichiers edf. J'utilise donc pyedflib pour cela mais le problème est que je dois réparer le header d'un fichier pour pouvoir l'exploiter via Python. J'ai vu qu'il suffisait de l'ouvrir dans edfbrowser, de cliquer sur "header editor repair" et puis de l'enregistrer. J'aimerais donc automatiser cette tâcher afin de ne pas devoir l'effectuer à la main pour chaque fichier. J'ai déjà fait plusieurs recherches à ce sujet et je ne trouve vraiment rien...

Je vous remercie d'avance pour votre réponse :)

Salut,

Que ce soit un fichier texte ou binaire, il est toujours possible de modifier quelques octets pour vous qu'on sache quoi et où. Mais la maîtrise du format EDF (pour savoir que faire) n'a rien à voir avec Python.

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Mais comment puis-je savoir ce qui doit être modifié ?

Citation:

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Envoyé par NaomiD

Mais comment puis-je savoir ce qui doit être modifié ?

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Je vous l'ai écris: à partir des spécifications du format EDF, on doit pouvoir dire cette donnée là est incorrecte, elle devrait être.
Et tant qu'on n'est pas capable de dire çà, impossible de savoir quoi coder.

- W

D'accord, désolée je n'avais pas bien saisi, je pense un peu mieux comprendre mais je ne vois pas comment ouvrir le fichier en edf en format binaire ^^'

Citation:

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Envoyé par NaomiD

D'accord, désolée je n'avais pas bien saisi, je pense un peu mieux comprendre mais je ne vois pas comment ouvrir le fichier en edf en format binaire ^^'

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Côte Python c'est juste un open(..., 'rb'), mais si déjà vous n'êtes pas à l'aise avec une opération aussi simple, il serait tant d'aller ouvrir un tuto. avant de vous lancer à essayer n'importe quoi.

note: quand vous venez ici, vous avez au moins pris le temps de débuter avec Python(*) en passant du temps dans un tuto. Ce genre d'ouvrage à une table des matières et contient généralement un chapitre qui traite des fichiers. Lorsqu'on ne sait pas ouvrir un fichier binaire, le réflexe de base est d'aller (re) voir le chapitre plutôt que de dire "je sais pas faire" dans l'espoir qu'on va faire le boulot pour vous: on ne peut pas apprendre à votre place et pour programmer il faut savoir un minimum de choses.

- W

C'est ce que j'ai fait mais ça ne fonctionne pas.. Ce n'est pas la peine de vous énerver.

J'ai l'erreur suivante qui s'affiche "SyntaxError: (unicode error) 'unicodeescape' codec can't decode bytes in position 2-3: truncated \UXXXXXXXX escape". Je pensais donc que ce n'était pas possible de lire un fichier edf ren binaire de cette façon.

Bonjiur

En fait c'est un souci d'encoding. Tu tentes probablement d'afficher ce que tu lis au format "string". Or si ce n'est pas une string (ou si c'est une string mal encodée) c'est ce qui se passe.
Ce n'est donc pas un souci de lecture mais d'affichage.

Citation:

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Envoyé par NaomiD

J'ai l'erreur suivante qui s'affiche "SyntaxError: (unicode error) 'unicodeescape' codec can't decode bytes in position 2-3: truncated \UXXXXXXXX escape". Je pensais donc que ce n'était pas possible de lire un fichier edf ren binaire de cette façon.

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Si vous avez cette erreur, c'est que vous avez oublié le 'b'.

Citation:

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Envoyé par NaomiD

C'est ce que j'ai fait mais ça ne fonctionne pas.. Ce n'est pas la peine de vous énerver.

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Vous avez fait autre chose... et ce n'est pas le 'b' dans l'open qui va générer cette erreur mais ce que vous faites après. Je ne m’énerve pas mais constatez que c'est un sujet technique dont vous ne maîtrisez rien et encore moins les informations à fournir pour obtenir de l'aide. Donc apprenez à programmer, pour obtenir le minimum de bagage technique qui vous permette de comprendre la difficulté de ce que vous cherchez à faire et arriver à fournir des informations pertinentes pour obtenir de l'aide (le cas échéant).
note: lisez les règles qui régissent ces forums, ce que je dis là est ce que vous deviez respecter avant de demander de l'aide.

- W

Bonjour,

Je ne fais que passer car je ne connais rien à Python, mais s'il s'agit de ce format (European Data Format) (que je ne connais pas non plus), la spécification indique que l'en-tête ne peut contenir que des caractères ASCII imprimables :

Citation:

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In the header, use only printable US-ASCII characters with byte values 32..126.

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(source:https://www.edfplus.info/specs/edfplus.html#additionalspecs).

Il ne devrait donc pas y avoir de caractères Unicode en position 2-3 du fichier.

Citation:

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Envoyé par xdelatour

Il ne devrait donc pas y avoir de caractères Unicode en position 2-3 du fichier.

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Python n'essaie de transformer en unicode qu'à la lecture du contenu de fichiers ouverts en mode "texte". Ouverts en mode binaire, ça retourne une séquence de bytes entre 0..255 sans chercher à convertir quoi que ce soit.

note: la longueur de l'en-tête d'un fichier EDF est un multiple de 256 probablement déterminé en fonction du contenu du premier bloc. Si on lit tout le fichier en mode texte, çà va planter lorsqu'on essaiera de convertir en unicode la partie binaire (après l'en-tête).

Citation:

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Envoyé par xdelatour

Je ne fais que passer car je ne connais rien à Python, mais s'il s'agit de ce format (European Data Format) (que je ne connais pas non plus)

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Répondre, c'est pour partager votre expérience pas pour juste faire du bruit.

edit: en cherchant sur Internet avec le message d'erreur, il peut arriver lors de l'open lorsque le nom du chemin contient des "\U". Ce qui se corrige avec double "\" ou raw string.
EDFbrowser n'a pas de mode batch pour lancer la réparation d'une en-tête mais on devrait pouvoir automatiser l'opération en simulant l'utilisateur et en utilisant un des outils mentionnés ici..

- W

Hello,
peux-tu faire exécuter ce code (python > 3.5) pour ton fichier edf et nous montrer ce que cela donne au début.

Code:

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1 2 3

with open('d:/tmp/0000.edf', 'rb') as f: hexdata = f.read(256).hex() print(hexdata)

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moi sur un fichier edf j'obtiens ceci par exemple :

Citation:

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302020202020202030303030202020202020202020

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30 c'est 0 et 20 c'est l'espace en ascii

Ami calmant, J.P

Pour savoir que la réparation fait, le plus simple, c'est de prendre un fichier, d'en faire une copie, d'appliquer la réparation et de comparer binairement les fichiers (soit les ouvrir dans un éditeur hexa, ou avec un outil de comparaison de fichier (type winmerge))

ce que peut réparer EDFbrowser d'après sa doc:

Citation:

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eader editor
This tool can be used to edit (or anonymize) the header (file info) like subject, birthdate, etc.
You can also edit labels (signalnames), physical dimension, pre-filter and transducer names.
If the file you want to edit has been opened in EDFbrowser already, close it first before starting
this tool.
This tool can also be used to repair a file that cannot be opened with EDFbrowser because of an incompatibility.

Errors that can be repaired with this tool:
- invalid characters in the header (the EDF format allows (7-bit) ASCII characters only)
- a wrong or missing timestamp (format) in the header (e.g. a colon instead of a dot between the numbers)
- a wrong or missing datestamp (format) in the header (e.g. a dash instead of a dot between the numbers)
- a wrong number of datarecords written in the header
- a wrong filesize (file is not ending at the boundary of a datarecord)
- a broken number i.e. a number with decimal(s) in the digital maximum/minimum field
- the value for digital maximum is lower than or equal to digital minimum
- the value for physical maximum equals physical minimum
- illegal or extraneous data in the reserved field

Do as follows: In EDFbrowser go to Tools -> Header editor. Select the file. Now click on the
"save" button (you don't need to edit the content manually). Close the header editor.
Now open the file in the usual way.

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https://www.teuniz.net/edfbrowser/ED...%20manual.html

Citation:

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Envoyé par umfred

ce que peut réparer EDFbrowser d'après sa doc

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Ce qui demande une certaine maîtrise du format EDF dont on peut profiter en lançant EDFBrowser "programmatiquement" ou en se l'appropriant pour coder cela soi même.

Si ouvrir un fichier est déjà difficile, la seule aide sera de faire le boulot à la place du PO ou de lui trouver une solution prête à l'emploi.

- W