Problème pour faire un graphique sur R

Bonjour,

je dois faire un graphique représentant l’évolution temporelle de l’ensemble des taxa avec les données ci-dessous.

Pièce jointe 631459

Cependant, j'ai des dates avec des virgule comment je peux faire pour les faire afficher à l'entier (j'ai essaye d'utiliser cette fonction round(date(), digits = 0) mais je ne sais pas comment l'utilisé avec mon jeu de données date).
De plus, il faut que je rassemble les différentes espèces en une seul catégorie de taxa pour pouvoir faire le graphique, si c'est bien cela, pour ce faire j'ai utiliser la fonction gather mais pareil je n'arrive pas la faire tourner, peut être qu'il faut renommé les données mais je ne sais pas comment ?

Si quelqu'un pourrait m'aider, ce serais vraiment super!
Par avance merci!