Suppression d'un motif sur des lignes consécutives

Bonjour,

Je dois nettoyer plusieurs fichiers de molécules, mais j'ai un problème de répétitions d'un caractère "ENDMLD". Ce motif augmente la taille de mes fichiers.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

ENDMLD ENDMLD ENDMLD ATOM ATOM ATOM ATOM ATOM ENDMLD ATOM ATOM ATOM ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ATOM ATOM ATOM ENDMLD HETE HETE HETE HETE ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD ENDMLD

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Je souhaiterais supprimer la ligne contenant ENDMLD quand elle se suit deux fois de suite ou plus fois de suite pour obtenir :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

ENDMLD ATOM ATOM ATOM ATOM ATOM ENDMLD ATOM ATOM ATOM ENDMLD ATOM ATOM ATOM ENDMLD HETE HETE HETE HETE ENDMLD

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J'ai pensé à faire un sort ou un unique ou une suppression de doublons, mais ce n'est pas tout à fait cela.

Merci de votre lecture,

Codiralement,

Bonjour :coucou:

Code:

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awk '{n++;} !/ENDMLD/{n=0;} (n<2)'

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Bonjour,

Une version sed:

Code:

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sed -ne '/ENDMLD/!{p;b;};p;:x;n;/ENDMLD/bx;p' fichier

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Code:

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sed -z ':z; s@ENDMLD\nENDMLD@ENDMLD@; tz'

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ou

Code:

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sed -z ':z; s@\(ENDMLD\)\n\1@\1@; tz'

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Code:

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sed -z 's/\(ENDMLD\n\)\+/ENDMLD\n/g'

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Code:

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sed -z 's/\(ENDMLD\n\)\+/\1/g'

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Pour ma part, j'ai volontairement évité l'option -z du gnu sed car le PO parle de fichier de molécules et je me suis laissé dire que ceux-ci pouvaient être d'une taille très généreuse (après je me trompe peut-être...)

Et je savais que Flodelarab allait aussi nous le faire en awk. :mrgreen:

ça pourrait gêner sed*? comment ?

Le -z est pour dire à sed de considérer le \0 comme fin de ligne, donc il charge tout le fichier en mémoire pour le traiter ...
Après je ne dis pas qu'il ne sait pas faire.

Merci beaucoup, tout marche !! ;)