API plumber et docker

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Bonjour,

j'ai une demande d'un client pour construire une api qui lui renverrai des graphiques. je me suis tourné vers le package plumber, que j'arrive à faire tourner en local en me connectant sur nos bdd.

Mais dockeriser l'api est une autre histoire!! le conteneur plante à chaque fois.
Y aurait il une doc , un bon tuto pour dockeriser une api avec tous les packages tels que highcharter, RpostrgreSQL.....
J'ai suivi l'article https://thinkr.fr/api-r-deux-temps-trois-mouvements/, j'arrive à faire mon conteneur, mais dès que j'ajoute une autre lib, ça plante....et pourtant à la création du conteneur, les installs sont faites, avec des choses comme ça dans le dockerfile :
Code:

1 2 3 4 RUN R -e 'install.packages("attempt", repo = "http://cran.irsn.fr/")' RUN R -e 'install.packages("dplyr", repo = "http://cran.irsn.fr/")' RUN R -e 'install.packages("remotes", repo = "http://cran.irsn.fr/")' RUN R -e 'install.packages("plumber", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
merci d'avance de vos conseils

dependance

Bonjour, quel est le message d'erreur ?? Il peut y avoir plusieurs problèmes, je pense notamment aux dépendances systèmes !

Voici un lien qui peut vous aider !

https://colinfay.me/r-db/

Voici une bonne base de Dockerfile pour un API plumber

Code:

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FROM rocker/r-ver:4.0.3
RUN apt-get update && apt-get install -y  git-core libcurl4-openssl-dev libgit2-dev libicu-dev libpq-dev libsodium-dev libssl-dev libxml2-dev make pandoc pandoc-citeproc && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN echo "options(repos = c(CRAN = 'https://cran.rstudio.com/'), download.file.method = 'libcurl', Ncpus = 4)" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN R -e 'install.packages("remotes")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("magrittr",upgrade="never", version = "2.0.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("tibble",upgrade="never", version = "3.1.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("htmltools",upgrade="never", version = "0.5.1.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("httr",upgrade="never", version = "1.4.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("purrr",upgrade="never", version = "0.3.4")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("stringr",upgrade="never", version = "1.4.0")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("ggplot2",upgrade="never", version = "3.3.3")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("lubridate",upgrade="never", version = "1.7.9.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("DBI",upgrade="never", version = "1.1.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("RPostgres",upgrade="never", version = "1.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("plumber",upgrade="never", version = "1.0.0")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("dplyr",upgrade="never", version = "1.0.6")'

Effectivement, n'étant pas un spécialiste du tout de docker, je pense que j'ai un problème avec le dockerfile notamment pour les dépendances.

L'erreur :

Code:

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Error in stopOnLine(lineNum, file[lineNum], e) : 
 
  Error on line #4: '#library(highcharter)' - Error in library(RPostgreSQL): there is no package called ‘RPostgreSQL’
 
Calls: plumb ... tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> -> stopOnLine
 
Execution halted

le dockerfile

Code:

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FROM rocker/r-base
 
RUN apt-get update -qq && apt-get install -y \
  git-core \
  libssl-dev \
  libsodium-dev \
  libcurl4-openssl-dev \
  xml2 \
  openssl
 
RUN R -e 'install.packages("attempt", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
RUN R -e 'install.packages("RPostgreSQL", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
RUN R -e 'install.packages("DBI", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
RUN R -e 'install.packages("methods", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
RUN R -e 'install.packages("plumber", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
RUN R -e 'install.packages("swagger", repo = "http://cran.irsn.fr/")'
 
 
RUN mkdir /usr/scripts
COPY torun.R /usr/scripts/torun.R
 
COPY plumber.R /usr/scripts/plumber.R
EXPOSE 8000
CMD Rscript /usr/scripts/torun.R

Je vais essayer avec votre proposition de dockerfile

04/09/2021, 19h16
triaguae

merci pour le dockerfile, j'ai réussi à faire tourner mon container !!