Segmentation sur ImageJ

Bonjour,

Je suis en train de faire une macro pour traiter des centaines d'images, mais je suis débutant dans le domaine. J'ai fait une macro capable de segmenter les images via l'espace Lab et en utilisant la méthode Huang dark, mais toutes mes images ne se crop pas bien. Je ne sais pas ou est l'erreur.

De plus, je souhaite faire des mesures sur ses images cropper et originale, et quand je réalise une séquence de traitement d'image, la fenêtre résultats se ferme automatiquement, ce qui ne me permet pas de sauvegarder l'ensemble des résultats.

Pouvez-vous m'aider ?

Merci d'avance

Macro :
Pièce jointe 601164

Ex photos à cropper
Pièce jointe 601165Pièce jointe 601166Pièce jointe 601167Pièce jointe 601168

Bonjour,

Le problème des images non rognées vient du fait que ces images sont binarisées à l'inverse des images qui sont correctement rognées. Je n'ai pas trouvé pourquoi certaines des images sont binarisées à l'envers, mais pour résoudre le problème, je suggère d'utiliser

Code:

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1 2	setAutoThreshold("Default"); run("NaN Background", "slice");

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Au lieu de la ligne

Code:

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run("Make Binary");

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et cela résout le problème, en tout cas en testant sur les 4 images envoyées avec le message.

La fenêtre résultat est fermée par la fonction

run("Analyze Particles...", "size=80000-Infinity circularity=0.10-1.00 clear include add");

Il faut supprimer le clear pour que la fenêtre ne soit plus fermée.

ok merci, tous marche
bonne journée a vous