Analyses données écologiques

Bonjour à toutes et à tous,
Je ne suis encore très à l'aise sur R, mais je dois faire des analyses stats pour mon stage et je rencontre un problème.

En effet, je dois analyser des données écologiques sur les libellules afin d'en faire des analyses sur l'évolution des populations, mais je dispose surtout de variables qualitatives.
Après avoir modifié mon jeu de données pour disposer de toutes les informations possible afin de répondre à mes questions, je me trouve dans l'impasse car je ne sais pas exactement quelles analyses faire. Le but de mon traitement de données est de voir si, avec le temps, les populations se modifient (départ d'espèces, nouvelles espèces,...) et si elles sont liées à certain milieux. Je devrais peut-être faire des courbes de tendances, mais je ne sais pas comment m'y prendre.

Afin de facilité le choix des analyses, j'ai formulé les questions auxquelles je souhaiterai répondre : "Les années ont-elles un effet sur le nombre d'individus par espèce ?", "L'habitat a-t-il un effet sur le nombre d'individus par espèce et certaines espèces sont-elles liées à des milieux ?" et "Le prélèvement d'individus à différents stade impacte t'il l'espèce et le nombre d'individus récoltés ?".
Le principal problème est que je ne possède d'une seule variable quantitative : l'abondance (c'est à dire, le dénombrement d'individus). Les autres variables sont : la date, le nom de l'espèce, le stade (adulte ou mue de libellule), l'année (2015 ou 2020), le transect, la typologie du milieu (eau stagnante, courante ou lac) et si le milieu était ouvert ou boisé.
Comme les données ne suivent pas une distribution normale, j'ai déjà réalisé des Kruskal tests pour voir s'il y a un effet significatif sur le milieu, s'il y a un effet de l'année sur la population et s'il y a un effet du stade sur la détection des espèces.

Enfin, j'ai fait une ACM, mais comme il y a 30 espèces de libellules différentes, les graphiques ne sont pas très lisibles.
D'après ces informations, est-il possible de me conseiller et m'orienter dans mes analyses de tendances?

Je vous remercie d'avance pour votre réponse et vous souhaite une bonne journée.