Logiciel R fonction apply

Bonjour à tous,
Alors pour vous expliquer rapidement, j'ai à ma disposition un tableau data frame avec en colonnes des espèces et en lignes différents sites. De ce genre :

Certaines lignes contiennent des 0, donc pour calculer la richesse spécifique (nombre d'espèces présentes) du site 1 par exemple, j'ai compté le nombre de colonnes qui ne contenaient pas de 0.
cependant, je dois appliquer cette fonction à tous les sites, donc j'ai souhaité utiliser la fonction apply :

(ma fonction richness fonctionne quand, dans la console, je l'applique à chaque site individuellement)
Mais la fonction apply ne fonctionne pas, ca serait trop long de le faire pour les 50, sachant qu'ensuite je dois les rassembler dans un data frame également.


Si quelqu'un pouvait m'aider et m'éclaircir à ce sujet svp... Je vous remercie!

Sinon, l'idéal serait que je sache affecter plusieurs valeurs à x dans ma fonction, de manière successive, pour obtenir les 50 résultats d'un coup, sans devoir retaper la fonction avec le x correct dans la console... Peut être avec un vecteur ? J'ai essayé mais je n'y arrive pas de cette manière, je débute avec le logiciel R

Pourquoi mon code n'est pas reproductible pour chaque ligne ? :calim2:

BCI[1,,] pour sélectionner seulement la première ligne de mon tableau, qui correspond au site 1 ? Ce n'est pas comme ça ?

Merci pour votre réponse :)

Ah non, ok je vois, une seule virgule après le 1 suffit ;) Merci

Bonjour,
Sans code reproductible, difficile de dire, mais j'ai l'impression que ce code pourrait répondre. On fait la somme des valeurs de chaque qui sont supérieures à zéro.
Le MARGIN=1, veut dire qu'on fait chaque ligne séparément. Ensuite, dans la fonction, "x" correspond à un vecteur qui contient toutes les les valeurs d'une ligne.

Code:

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1 2	apply(BCI, 1, function(x) {sum(x > 0)})

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Pour faire un code reproductible, vous pouvez regarder ce tuto

Super ça fonctionne avec ce code-ci ! Merci beaucoup 8O
Ça parait vraiment simple, mais en le lisant, je le comprends comme si ce code allait faire "la somme des x>0" et non pas comme "l'effectif total de x>0"

Code:

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apply(BCI, 1, function(x) {sum(x > 0)})

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Décomposez le code pour comprendre ce qu'il se passe vraiment:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

# Je crée un vecteur vec <- c(1, 2, 0, 0, 4) # Je teste ce qui est supérieur à zéro, la réponse est vrai ou false (vec > 0) # Je fais la somme des vrais sum(vec>0) # Je fais la somme des valeurs de vec, si elles sont supérieures à zéro sum(vec[vec>0])

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C'est pour ça que ça marche.
Vous souhaitez comprendre les bases de la programmation avec R, en français ? c'est par ici.

Je vous conseille ce tuto en français. C'est rapide, vous comprendrez mieux.
Vous souhaitez comprendre les bases de la programmation avec R, en français ? c'est par ici.

Je comprends mieux le déroulé pour parvenir à ce code, merci beaucoup pour votre aide ! Je vais appliquer cette méthode avec les autres codes qui me posent problème pour la suite :D