Choisir un seuillage

Bonjour,
Je suis en train d'analyser des images fluo, je cherche à déterminer l'intensité du marquage sur chaque photo afin de comparer des échantillons traités et non traités. Pour pouvoir comparer sans biaisais ou influencer mes résultats, j'aimerai faire une macro mais mon problème, c'est le choix du seuillage pour chaque macro.

Est-il préférable, svp, de faire un seuillage par défaut sur chaque photo, ou un seuillage automatique Otsu, ou faut-il fixer un seuil manuellement, qui sera le même sur chaque photo ?

Avec un seuillage manuel, est-il possible que sur certaines photos je perde en intensité ou au contraire, qu'involontairement, j'augmente mon intensité ?

J'espère avoir été assez clair...

Merci pour votre aide par avance :)