Fonction fitdistrplus sous R
Bonjour,
Je cherche à faire une distribution normale sur des données censurées en utilisant la fonction fitdistcens. Mon jeu de donnée corresponds à des valeurs de pH où il y a croissance ou non-croissance bactérienne. J'ai trois répétition pour les pH de croissance/non-croissance pour toutes les bactéries. Et finalement, je recherche quel est le pH "vrai" de croissance et de non-croissance.
Example de données :
Non-croissance à pH :
- essai 1 : 4,47
- essai 2 : NA (pas de borne)
- essai 3 : 4.44
Croissance à pH :
- essai 1 : 4.50
- essai 2 : 4.50
- essai 3 : 4.51
Voici le script que j'utilise :
Code:
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| library(fitdistrplus)
# left : valeur limite NC observée
# right : valeur limite de croissance observée
#souche 1
left=c(4.47,NA,4.44)
right=c(4.50,4.50,4.51)
data.log10C = data.frame(left,right)
fit.log10C = fitdistcens(data.log10C, "norm")
fitdistcens(data.log10C,"norm")
summary(data.log10C)
plot(fit.log10C) |
Cependant, R m'affiche un message d'erreur :
Citation:
<simpleError in optim(par = vstart, fn = fnobjcens, fix.arg = fix.arg, gr = gradient, rcens = rcens, lcens = lcens, icens = icens, ncens = ncens, ddistnam = ddistname, pdistnam = pdistname, hessian = TRUE, method = meth, lower = lower, upper = upper, ...): non-finite finite-difference value [2]>
Error in fitdistcens(data.log10C, "logis") :
the function mle failed to estimate the parameters,
with the error code 100
Pouvez-vous m'aider s'il vous plait ?
Merci
Bonne journée
