Remplacement de caractères sous conditions

Bonjour à tous,
Je sollicite la communauté Linux car je suis devant un problème dont voici un court extrait de fichier:
J'ai un tableau avec 1 million de lignes et 300 colonnes. Les colonnes de référence sont CHROM (Lu01), POS(n°), REF(A,G, C ou T) ALT(A, G, C ou T et les combinaisons sont possible) puis celles de mes échantillons à modifier sont les suivantes (ech1, ech2...)
Mon objectif: Si dans mes colonnes ech1, ech2...
- je trouve le motif ./.:...., alors je remplace cette case par celle la case de la colonne REF
- Dans le cas ou j'ai sur un mème ligne 1/1 et 2/2, alors j'ai dans ma colonne ALT, 2 lettres séparées par une virgule. les cases 1/1 devront prendre la valeur de la lettre avant la virgule, et les case 2/2 la valeur après la virgule
- je trouve uniquement le motif 1/1 sur une même ligne...., alors je remplace cette case par celle la case de la colonne ALT.

Code:

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1 2 3 4 5 6

CHROM POS REF ALT ech1 ech2 ech3 Lu01 10 G A 1/1:99:30:30:2:27:90%:1,5465E-14:37:36:2:0:27:0 1/1:99:37:37:5:31:83,78%:1,6935E-15:37:37:5:0:31:0 1/1:18:4:4:0:4:100%:1,4286E-2:0:37:0:0:4:0 Lu03 15 G A 1/1:99:42:42:3:39:92,86%:8,4519E-21:37:37:3:0:39:0 ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:18:4:4:0:4:100%:1,4286E-2:0:37:0:0:4:0 Lu10 32 C T ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. Lu01 33 G T,C ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 2/2:24:5:5:0:5:100%:3,9683E-3:0:37:0:0:5:0 Lu02 34 G T ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:99:47:47:5:41:87,23%:5,7183E-21:37:36:5:0:41:0

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Avez vous des idées ?
Vous trouverez en PJ l'extrait du fichier pour une meilleure visualisation
Merci bcp :-)

Bonjour,

il n'est pas dit quel langage tu as le droit d'utiliser pour faire cet exercice.
awk est tout à fait adapté pour ce type de manipulations.

peux-tu te référer aux numéros de colonnes, ou (parce qu'il y en a trop, à des endroits trop éloignés) uniquement à leur titre (dans l'en-tête) ?

Bonjour :coucou:

STOP ! Déjà, ton fichier vient de Windows et tu as un problème avec la fin de ligne. Il faut utiliser un utilitaire comme dos2unix pour le convertir. Ou alors, on peut faire la commande suivante :

Code:

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sed -i 's@\r$@@' exemple.txt

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Après, on peut proposer un truc du genre :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

$ awk -F '\t' '{ OFS=FS;for (c=5;c<=7;c++) {split($4,alt,",");if ($c ~ /\.\/\./) $c=$3; else if ($c ~ /1\/1/) $c=alt[1]; else if ($c ~ /2\/2/) $c=alt[2]}; } 1' exemple.txt #CHROM POS REF ALT ech1 ech2 ech3 Lu01 10 G A A A A Lu01 15 G A A G A Lu01 32 C T C C C Lu01 33 G T,C G G C Lu02 34 G T,C G G T

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Merci, c'est exactement la solution à mon problème. Bravo encore et merci pour la rapidité !

À la relecture, ce n'est pas dans l'ordre.

Code:

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awk -F '\t' -vOFS='\t' '{split($4,alt,",");for (c=5;c<=7;c++) if ($c ~ /\.\/\./) $c=$3; else if ($c ~ /1\/1/) $c=alt[1]; else if ($c ~ /2\/2/) $c=alt[2]; } 1' exemple.txt

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• Pas la peine d'affecter OFS 1 million de fois.
• Pas la peine de parser la colonne ALT pour chaque colonne ech*

Merci :D:D

Code:

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awk -F '\t' -vOFS='\t'

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ou

Code:

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awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" }

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parce que j'aime bien pouvoir assigner une valeur à plusieurs variables d'un seul coup.