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Summit, le superordinateur le plus puissant du monde, mis à contribution pour trouver une solution au Covid-19
Summit, le superordinateur le plus puissant du monde, mis à contribution pour trouver une solution au Covid-19
Le département américain de l'Énergie a récemment annoncé que Summit, le supercalculateur conçu par IBM et considéré à l’heure actuelle comme le plus performant du monde avec ses 200 pétaflops de puissance de calcul au service du laboratoire national d'Oak Ridge basé aux États-Unis, sera mis à contribution pour tenter de trouver un traitement / un vaccin contre le Covid-19, un agent pathogène similaire au SRAS à certains égards. Pour rappel, ce supercalculateur se compose de 4608 serveurs IBM embarquant chacun deux processeurs Power9 (système à double socket ou 2U) disposant de 22 cœurs par puce (soit 9216 CPU au total) et six processeurs graphiques NVIDIA Tesla V100 (soit 27 648 GPU au total).
La recherche de moyens permettant d’inhiber ou de combattre un virus est un problème très difficile à résoudre, comme l’explique IBM :
« Lorsqu'ils tentent de percer les secrets de nouveaux composés biologiques, comme les virus, les chercheurs des laboratoires cultivent le micro-organisme et observent comment il réagit dans la vie réelle à l'introduction de nouveaux composés, toutefois ce processus peut être lent sans ordinateurs capables d'effectuer des simulations numériques pour réduire la gamme des variables potentielles, mais même dans ce cas, il y a des défis à relever. Les simulations informatiques peuvent examiner comment différentes variables réagissent avec différents virus, mais lorsque chacune de ces variables individuelles peut être composée de millions, voire de milliards, d'éléments de données uniques et qu'il faut effectuer plusieurs simulations, cela peut rapidement devenir un processus très long utilisant du matériel de base ».
La vidéo ci-dessous résume le travail effectué par les scientifiques à l'aide de Summit. Grâce au superordinateur, les chercheurs ont ciblé environ 8000 composés en quelques jours et ont identifié 77 petites molécules potentiellement bénéfiques qui montrent des signes d'inhibition de Covid-19.
« Summit était nécessaire pour obtenir rapidement les résultats de simulation dont nous avions besoin. Ça ne nous a pris qu’un jour ou deux, alors que ça aurait pris des mois sur un ordinateur classique », a déclaré Jeremy Smith, directeur du Centre de biophysique moléculaire de l'UT/ORNL et chercheur principal de l'étude. « Nos résultats ne signifient pas que nous avons trouvé un remède ou un traitement pour COVID-19. Nous espérons néanmoins que nos résultats informatiques éclaireront les études futures et fourniront en même temps un cadre que les expérimentateurs utiliseront pour effectuer une étude plus poussée de ces composés ».
Les scientifiques ont précisé que leurs travaux devront être testés / validés expérimentalement, mais nous avons désormais la preuve que les ordinateurs peuvent être utiles pour la résolution de ce type de problème.
Source : Youtube
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