Exercice de transcription

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28/12/2019, 12h04
Nirrwyn

Exercice de transcription

Bonjour,

Je suis étudiant en 2ème année de licence de biologie. Nous avons un exercice consistant à écrire un programme retournant, à partir de n'importe quelle séquence d'ADN donnée, son ARNm, puis la séquence protéique traduite. J'ai dû mal à voir comment démarrer.

Pour ceux qui n'y connaissent rien en biologie, on donne une séquence de type "ATCCAGTGG", il faut donc retourner la séquence complémentaire (A complément de T et inversement, et C complément de G, et inversement), avec la subtilité que les T sont remplacés par des U. On obtient donc "UAGGUCACC". Ce qui me bloque plus précisément, c'est que je vois pas comment lire et manipuler chaque lettres indépendant de la chaîne de caractère. Quelqu'un pourrait m'éclairer sur un début de piste ?

Merci à vous,
30/12/2019, 17h10
marou1991

Bonjour,

Je te laisse regarder au tour du package stringr.

Il y a plusieurs fonctions pour manipuler les chaines de caractères.

Bon courage :D
30/12/2019, 19h19
Canvas
Bonsoir,

Une autre solution possible en utilisant chatr :
Code:

1 2 seq <- "ATCCAGTGG" res <- chartr("T","U",chartr("ATGC","TACG",seq))
31/12/2019, 14h20
Nirrwyn

Malheureusement comme on ait noté par un juge automatique, il n'est pas possible d'utiliser de package. Par contre merci beaucoup pour la fonction "chatr", c'est exactement ce qu'il me fallait pour démarrer. :mrgreen: