Commande bash dans un script R

Bonjour,

C'est possible de lancer une commande bash dans un script R ?
Par exemple

script.R

Code:

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1 2	print("commande R") echo "commande bash"

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Sur le terminal

Code:

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1 2 3

$ Rscript script.R commande R commande bash

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Bonjour,

Vous pouvez regarder les commandes system() et shell().

Sous Windows :

Code:

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1 2	> shell('echo "commande bash"') "commande bash"

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Cordialement,

bonjour,

J'ai essayé de faire un script.sh qui prend en paramètre une chaine de caractère puis l'affiche, mais il ne prend pas en compte ce que je lui met en paramètre.

Code:

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pathShell <- "C:/Users/user/cmder/vendor/git-for-windows/bin/bash.exe" cmd <- paste0("script.sh", " -a ", "something")   shell(cmd = cmd, shell = pathShell)

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script.sh

Code:

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val="nothing"   while getopts 'a:' opt; do case $opt in a) val=$OPTARG ;;   esac done   echo $val

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Bonjour,

Les paramètres positionnels peuvent être appelés à l'aide des expressions $1, $2... ${10}, ${11}.

Pièce jointe 484106

Vous pouvez regarder du côté du logiciel Emacs qui permet d'avoir des documents avec des commandes bash et du code R.

Cordialement,

Bonjour,

Mon script ne me renvoie pas ce que je lui met en paramètre.

Code:

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> pathShell <- "C:/Users/user/cmder/vendor/git-for-windows/bin/bash.exe" > cmd <- "./script/script.sh bonjour"   > shell(cmd = cmd, shell = pathShell) Le 1er paramètre est :

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script.sh

Code:

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#!/bin/bash   echo "Le 1er paramètre est : $1"

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Quand je passe par git-bash.exe:

Code:

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1 2 3 4

> pathShell <- "C:/Users/user/cmder/vendor/git-for-windows/git-bash.exe" > cmd <- "./script/script.sh bonjour" > shell(cmd = cmd, shell = pathShell)

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j'obtiens cette erreur:

Pièce jointe 485596

Bonjour,

Apparemment le problème venait d'une mauvaise écriture du chemin, il fallait utiliser les "\\" comme séparateur et pour écrire la commande j'ai utilisé la fonction shQuote()

Code:

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> path <- 'C:\\Users\\user\\cmder\\vendor\\git-for-windows\\bin\\bash.exe' > cmd <- shQuote("echo bonjour", type="sh") > shell(cmd = cmd, shell = path) bonjour

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Merci de votre aide.