Removed 1 rows containing missing values (geom_segment)

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Bonjour à tous,

Comme l'indique l'intitulé du sujet j'ai cette erreur qui apparaît sur mes ggplot et aucune données manquantes n'est répertoriées sur ma variable ci-dessous je vais vous montrer mon code (à noter que l'erreur apparaît 4 fois après l’exécution du code) :

Code:

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ggplot(data3, aes(x=data3$tunnel, y=data3$ac_citrique, colour=data3$variete, fill=data3$variete))+
  geom_point(position=position_jitterdodge(dodge.width=0.7), size=2) +
  geom_boxplot(alpha=0.5, position = position_dodge(width=0.8), fatten=NULL)+
  scale_colour_manual(values=c(c("#FF0000", "#0000FF", "#006600","#0FFFFF")))+
  scale_fill_manual(values=c("#FF0000", "#0000FF", "#006600","#0FFFFF"))+
  stat_summary(fun.y = mean, geom = "errorbar", aes(ymax = ..y.., ymin = ..y..),
               width=0.65,size = 1.5, linetype = "solid",position = position_dodge(width=0.7))+
  ylab("Ac. Citrique (g/100g MS)  ") + ggtitle("Part d'acide citrique pour les tunnels et les variétés") +
  theme_stata(scheme = "s2color")

J'ai essayé de modifier les limites de mon graphique mais cela élargit juste l’échelle du graphique, il doit surement y avoir une erreur dans le code si vous avez besoin d'autres renseignements je suis là.

J'ai un deuxième problème concernant une transformation de variables qui est considéré comme un facteur par r et quand je la change avec as.numeric() les valeurs sont complètement changées :

Code:

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> summary(data3$ac_malique)
< 0,07   0,07   0,08   0,09    0,1   0,11   0,12   0,13   0,14   0,15   0,16   0,17   0,18 
     2      1      6      6      8      5      5      4      9      6      4      6      1 
  0,19    0,2   0,21   0,22   0,23   0,24   0,25   0,27   0,28   0,29    0,3   0,31   0,32 
     4      3      4      5      6      3      6      1      3      2      2      1      2 
  0,33   0,34   0,36   0,38    0,4   0,41   0,42   0,43   0,44   0,45   0,47    0,5   0,53 
     1      3      3      1      3      2      4      1      1      1      2      1      3 
  0,55   0,56   0,57   0,58   0,61   0,63   0,65   0,67   0,68   0,69   0,71   0,72   0,73 
     1      2      2      1      2      2      1      2      3      1      3      2      2 
  0,75   0,76   0,77   0,78   0,81   0,87   0,89   0,92   0,95   0,98      1   1,04    1,1 
     3      1      1      2      3      3      1      2      1      1      1      1      1 
  1,11   1,36   1,61 
     1      1      1

Code:

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> str(data3$ac_malique)
 Factor w/ 68 levels "< 0,07","0,07",..: 32 47 16 26 66 16 22 23 17 15 ...

Après transformation :

Code:

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> data3$ac_malique=as.numeric(data3$ac_malique)
> str(data3$ac_malique)
 num [1:179] 32 47 16 26 66 16 22 23 17 15 ...

Merci

05/06/2019, 10h09
VonVelten
Bonjour,

sans le jeux de données, pas facile de donner une réponse exacte. Plusieurs pistes possibles :

- Vérifier que toutes les variables utilisées (pas que x et y, mais aussi pour fill et color) soient sans données manquantes (ça a l'air d'être bon à priori)
- Vérifier que les valeurs extrêmes du graphiques englobent les valeurs extrêmes de x et y
- De même pour les barre d'erreur.
- Vérifier que le nombre de couleur est identique au nombre de niveaux du facteur considéré.

Je pense que pour savoir le lieu exact du problème, je repartirai d'un graphique très basique (sans les couleurs, que x et y) avec le boxplot et j'ajouterai les éléments au fur et à mesure pour savoir d'où vient le problème. Quelque chose du genre :
Code:

1 2 ggplot(data3, aes(x=data3$tunnel, y=data3$ac_citrique))+ geom_point(position=position_jitterdodge(dodge.width=0.7), size=2)
Pour le deuxième point, il faut savoir que R stocke les facteurs sont formes d'entiers et le nombre associé correspond au niveau du facteur associé (car ils sont ordonnés). La valeur affiché est simplement un "label" et donc faire as.numeric() sur un facteur renvoie le niveau associé. Pour récupérer du coup le label (donc la valeur affichée), il faut passer entre temps par un format character qui permet de récupérer le label avant le le passer en numeric. Il faut donc faire as.numeric(as.character(data3$ac_malique))

Cordialement

VV
05/06/2019, 10h33
nemesistat

Merci pour votre réponse claire et construite j'ai utilisé votre technique pour trouver le problème et cela venait de la commande geom_boxplot() j'ai enlevé fatten=NULL.

En ce qui concerne la variable en facteur c'est moi qui avais mal regardé les données 2 observations étaient indiquées comme suivant : "<0.07" et le signe inférieur considérait la variable en facteur, j'ai enlevé le signe depuis le CSV et c'est bon tout fonctionne.

Bien cordialement,
NS