Exécuter la même commande sur chaque ligne d'un fichier
Bonjour,
J'ai un fichier texte contenant une liste de rsIDs pour de nombreux snp. Je veux faire une même demande de recherche de nom de gène et de transcrit sur chacune des ligne de ce fichier. Ainsi, je souhaiterai lire mon fichier ligne par ligne et indiquer la ligne en cours (boucle ?) dans ma requête. Comment lire mon fichier ligne par ligne et mettre dans "value" (de la fonction getBM) chaque ligne de mon fichier (ici à la place de Data_vec il s'agir d'avoir chaque ligne du fichier).
Voici le code que j'ai essayé :
Code:
1
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3
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6
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9
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11
12
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14
15
| Library(biomaRt)
Data <- readLines ("rsID.txt")
longueur(Données)
#Data_vec <- as.vector(Data)
Data_vec<-c("Data")
require(biomaRt)
ensembl <- useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset = "hsapiens_snp")
getBM(attributes=c(
"refsnp_id", "ensembl_gene_stable_id", "ensembl_transcript_stable_id"),
filters="snp_filter", values="Data_vec",
mart=ensembl, uniqueRow=TRUE) |
mais j'ai toujours ce message :
Code:
1
2
3
|
1] refsnp_id ensembl_gene_stable_id ensembl_stable_id ensembl_transcript_stable_id
<0 lignes> (ou 0-longueur de ligne.noms) |
Comment puis-je faire pour lie le fichier ligne par ligne et indiquer à value chaque ligne ligne après l'autre ?
