Exécuter des commandes sur un ensemble de fichiers d'un répertoire

Bonjour,

je souhaites réliser une suite de commande sur un ensemble de fichier qui se trouvent dans un répertoire.
Mes commandes marchent bien car on lui précise un fichier mais impossible de lui faire comprendre que je
souhaite réaliser ces étapes sur un ensemble de fichier présents dans un répertoire.

Voilà ce que je propose :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27

#!/usr/bin/python # -*- coding: <utf-8> -*-   import os import requests       for element in os.listdir('/dossier/ou/se/trouve/fichiers'): if element.endswith('.txt'): #file = open("rsID.txt", "r") file = os.open("%element.txt", "r") for rs in file: r = requests.post( url='https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/api/snpense/snpense/', json={ 'organism':'hsapiens', 'query': rs } ) if not r.json()['result'] : print (rs,"NA") else : print (rs,r.json()['result']) file.close()

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Merci

Salut,

Tu réalises que tu ouvres toujours le même fichier ?

Code:

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1 2	file = os.open("%element.txt", "r")

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et tu as vraiment un fichier nommé %element.txt ?

Bonjour,

Pour trouver et traiter tous les fichiers type "*.txt" d'un répertoire, je te suggère d'utiliser plutôt la fonction iglob du module glob.

Essaie ça:

Code:

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1 2 3 4 5 6

from glob import iglob repertoire = r"/dossier/ou/se/trouvent/les/fichiers" motif = "*.txt" for fichier in iglob(os.path.join(repertoire, motif)): if os.path.isfile(fichier): print(fichier)

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L'un des problèmes de ton code est que os.listdir renvoie les noms trouvés sans leur chemin.

Citation:

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Envoyé par VinsS

Salut,

Tu réalises que tu ouvres toujours le même fichier ?

Code:

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1 2	file = os.open("%element.txt", "r")

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et tu as vraiment un fichier nommé %element.txt ?

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Bonjour,

non, je n'ai aucun fichier nommé %element.txt mais je pensais qu'en faisant cela, il comprendrais que je souhaitai traiter tous les fichiers (que j'ai surnommé element) préset dans un même dossier (faire comme une boucle

Code:

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for i in *.txt print $i

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en bash).

je pensais que

Code:

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%i

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en python correspondait à

Code:

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$i

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en bash.

Je me disais aussi.

Utilise la solution de Tyrtamos et ça ira tout seul.

Citation:

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Envoyé par tyrtamos

Bonjour,

Pour trouver et traiter tous les fichiers type "*.txt" d'un répertoire, je te suggère d'utiliser plutôt la fonction iglob du module glob.

Essaie ça:

Code:

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1 2 3 4 5 6

from glob import iglob repertoire = r"/dossier/ou/se/trouvent/les/fichiers" motif = "*.txt" for fichier in iglob(os.path.join(repertoire, motif)): if os.path.isfile(fichier): print(fichier)

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L'un des problèmes de ton code est que os.listdir renvoie les noms trouvés sans leur chemin.

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Mais à ce moment là, comment lui dire d'ouvrir le fichier en lecture ?

Citation:

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Envoyé par VinsS

Je me disais aussi.

Utilise la solution de Tyrtamos et ça ira tout seul.

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Mais je ne comprend pas comment ouvrir chaque fichier en lecture (open) ? avec un file = open(fichier, "r") ?

Je vous remercie énormément de votre aide VinsS et surtout tyrtamos pour votre aide et vos réponses.

Le script à l'air de marché grâce à ce que vous avez proposé !

Merci !

Bonjour,

Pour parcourir les enfants directs d'un dossier, depuis Python 3.5, la fonction à choisir par défaut est os.scandir, introduite par la PEP 471.

Exemple de code :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

import os from typing import Iterable   def main() -> None: for file_path in get_direct_children_file_paths_with_extension(dir_path='.', extension='.txt'): print(file_path)   def get_direct_children_file_paths_with_extension(dir_path: str, extension: str) -> Iterable[str]: return filter( lambda path: path.endswith(extension), get_direct_children_file_paths(dir_path))   def get_direct_children_file_paths(dir_path: str) -> Iterable[str]: return (entry.path for entry in os.scandir(dir_path) if entry.is_file())   if __name__ == '__main__': main()

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Autre version du code plus facile à comprendre quand on débute en Python, mais moins performante et plus verbeuse :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

import os   def main(): for file_path in get_direct_children_file_paths_with_extension(dir_path='.', extension='.txt'): print(file_path)   def get_direct_children_file_paths_with_extension(dir_path, extension): result = [] for path in get_direct_children_file_paths(dir_path): if path.endswith(extension): result.append(path) return result   def get_direct_children_file_paths(dir_path): result = [] for entry in os.scandir(dir_path): if entry.is_file(): result.append(entry.path) return result   if __name__ == '__main__': main()

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La fonction get_direct_children_file_paths est le genre de fonction réutilisable qui finit à terme par se retrouver dans un module utilitaire utilisé par plusieurs programmes.

Sur le long terme, découper le code en petits morceaux réutilisables facilite la mise à jour du code.

Une version monolithique du code :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

import os   if __name__ == '__main__': for entry in os.scandir('.'): if entry.is_file(): file_path = entry.path if file_path.endswith('.txt'): print(file_path)

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La version monolithique fonctionne. Mais, le jour où on veut réutiliser le code, ça finit en copié-collé. Et si un jour on veut modifier chacun des morceaux qui ont été copiés-collés, cela va prendre du temps.

Bonjour,

Citation:

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Envoyé par Pyramidev

Pour parcourir les enfants directs d'un dossier, depuis Python 3.5, la fonction à choisir par défaut est os.scandir, introduite par la PEP 471.

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Effectivement, depuis Python 3.5, il vaut mieux utiliser os.scandir que os.listdir puisqu'il est beaucoup plus rapide. Avant la version 3.5, il existait le module externe "scandir" installable avec pip.

Mais iglob, qui utilise os.scandir et fnmatch, est très simple à utiliser, et permet même de faire des recherches dans l'arborescence complète d'un répertoire (option "recursive=True"). J'en ai donné quelques exemples ici: https://www.developpez.net/forums/d1...ive-glob-glob/.