Disposition des plots dans un fichier pdf
Bonjour,
J'ai une liste de plot que je voudrais mettre un fichier pdf. Pour gérer mes plots j'utilise la fonction grid.arrange() puis j'utilise la fonction ggsave(..., device = "pdf")
Dans le pdf je voudrais qu'il les mette en ne dépassant pas le nombre de colonne de 3, et qu'il crée une nouvelle page quand il le faut.
Avec le code que j'utilisais plus je mettais de plots et plus il les écrasait.
Code:
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library(ggplot2)
library(doParallel)
library(parallel)
df <- data.frame("a" = 1:50, "b" = 1:50)
cl <- makeCluster(5)
registerDoParallel(cl)
lp <- foreach::foreach(i=1:20, .packages = c("ggplot2")) %dopar%
{
scaleMin = min(c(min(df$a), min(df$b)))
scaleMax = max(c(max(df$a), max(df$b)))
p <- qplot(x = df$a, y = df$b) +
geom_abline(intercept = 0, slope = 1, colour = "blue") + theme_bw()+
labs(x = "", y="", title = "name ")+
xlim(c(scaleMin, scaleMax)) + ylim(c(scaleMin, scaleMax))+
theme(
panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
panel.background = element_rect(fill = "transparent")
)
return(p)
}
stopCluster(cl)
gp <- gridExtra::grid.arrange(grobs = lp,ncol = 3,
bottom="bottom",
left="left")
ggsave(gp, filename = "plots/allPlots.pdf",
dpi = 400, device = "pdf",
width = 400,height = 240,
units = c("mm"),limitsize = FALSE) |
Disposition des plots dans un fichier pdf
Bonjour,
C'est la disposition par défaut de la fonction marrangeGrob() :
Code:
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| library(gridExtra)
library(ggplot2)
pl <- lapply(1:9, function(.x) qplot(1:10, rnorm(10), main=paste("plot", .x)))
ml <- marrangeGrob(pl, nrow=3, ncol=2)
## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("d:/temp/multipage1.pdf", ml)
## interactive use; open new devices
ml |
Vous pouvez utiliser l'option layout_matrix pour modifier cette disposition (voir la vignette du package gridExtra) :
Code:
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| library(gridExtra)
library(ggplot2)
pl <- lapply(1:9, function(.x) qplot(1:10, rnorm(10), main=paste("plot", .x)))
lay <- rbind(c(1,2),
c(3,4),
c(5,6))
ml <- marrangeGrob(pl, nrow=3, ncol=2, layout_matrix=lay)
## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("d:/temp/multipage2.pdf", ml)
## interactive use; open new devices
ml |
Cordialement,
