Boxplot en filtrant les données selon une colonne donnée

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21/05/2019, 13h09
Matou06

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Boxplot en filtrant les données selon une colonne donnée

Bonjour,
Débutante avec R...

Je réalise un boxplot sur un dataset de données mais je souhaiterai filtrer les données et réaliser plusieurs boxplot pour séparer les données (je ne sais pas comment m'y prendre).
Le boxplot est réalisé sur la donnée "PDS" qui est la dose de RX délivrée pour un "acte" chirurgical.
Dans mon tableau j'ai également une autre colonne qui spécifie la spécialité "Spe" chirurgicale et je voudrais filtrer par les données de cette colonne.
Comment faire ?

Voici les données de mon Dataset :

Code:

str(Dataset)

'data.frame': 8156 obs. :
….
$ Spe : Factor w/ 9 levels "AUTRES","CARDIOLOGIE",..: 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 ...
$ Acte : Factor w/ 44 levels "ARTERIO_MEMBRES_INF",..: 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 ...
$ PDS : num 1.7 2.77 2.7 5.18 7.82 ...
…..

Et voici comment je réalise mon Boxplot pour le moment :

Code:

Boxplot(PDS~Acte, data=Dataset, id=list(method="y"),ylim=c(0,20),las=2,cex.axis=0.5, ylab="PDS(Gy.cm²)")

Mais j'ai besoin de faire plusieurs boxplot selon la colonne "Spe" qui regroupent 8 spécialités au bloc opératoire.
Je pensais essayer de filtrer pour faire mes 8 spécialités une par une avec un truc genre :

Code:

Boxplot(PDS~Acte + filter(Spe=="ORTHOPEDIE"), data=Dataset, id=list(method="y"),ylim=c(0,20),las=2,cex.axis=0.5, ylab="PDS(Gy.cm²)")

Mais cela ne marche pas….

Le top serait de faire 8 boxplot directement avec mes 8 spécialités chirurgicales…
Y a t-il un moyen ou une piste ?

Merci
Matou06

Voici mon boxplot :
Pièce jointe 476842
22/05/2019, 17h32
VonVelten

bonjour,

avec le package ggplot2 il y a moyen de faire cela avec la fonction facet_wrap.

La question est de savoir si les valeurs des abscisses sont les mêmes (ou à peu près) dans toutes les catégories de Spé.

VV
03/06/2019, 13h02
Matou06

Bonjour,

Merci VonVelten, je vais essayer de trouver avec cette piste.

Les abscisses sont quasi toutes différentes d'une spécialités à l'autre :
exemples :
Spé Neurologie => abscisses = (hernie lombaire, arthrodèse, …)
Spé Urologie => abscisses = (Sonde JJ, etc...)
Etc

Matou06

Citation:

Envoyé par VonVelten

bonjour,

avec le package ggplot2 il y a moyen de faire cela avec la fonction facet_wrap.

La question est de savoir si les valeurs des abscisses sont les mêmes (ou à peu près) dans toutes les catégories de Spé.

VV

2 pièce(s) jointe(s)

Bonjour Matou06

VonVelton a dit vrai. exemple:

Code:

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d <- data.frame(
    Spe  = rep(seq(1:9)),
    Acte = rep(seq(1:44)),
    PDS  = rnorm(9*44*10,mean = 5,sd = 1.5)
)
 
library(ggplot2)
 
ggplot(d) +
    aes(x = as.factor(Acte), y = PDS) +
    geom_boxplot(alpha = 0.7) +
    facet_wrap(~ Spe) + # Rupture des graphiques sur la variable Spe
    coord_flip() # fait pivoter X et Y

Pièce jointe 480397

Après pour faire un graphique seul (ex Spe 1), on peut faire comme ça:

Code:

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d1 <- d[d$Spe == "1",]
ggplot(d1) +
    aes(x = as.factor(Acte), y = PDS) +
    geom_boxplot(alpha = 0.7) +
    coord_flip() +
    ggtitle("Spe 1")

Pièce jointe 480447

04/06/2019, 14h47
Matou06

1 pièce(s) jointe(s)

Bonjour,

J'ai testé selon les indications de Vonvelton et du code de Puppet_Master (merci) :

Code:

ggplot(Dataset)+ aes(x=as.factor(Acte),y=PDS)+geom_boxplot(alpha=.1)+facet_wrap(~Spe)

Et voici ce que j'obtiens :
Pièce jointe 480638

Le problème est que mes actes peuvent être très différents d'une spécialité à l'autre, donc je me retrouve à avoir en abscisse tous les actes, même si la spécialité du graphique n'est pas concernée, du coup l'abscisse est illisible.

Une piste pour solutionner ce problème ?

Merci
Matou06
04/06/2019, 15h03
Matou06

1 pièce(s) jointe(s)
Re,

J'ai aussi testé la seconde méthode de Puppet_Master qui fonctionne bien (encore merci).
Mais il est nécessaire de modifier l'écriture des abscisses pour la lisibilité, comment faire ?
J'ai testé avec las=2 (utilisé dans la fonction boxplot pour une écriture verticale) mais qui ne fonctionne pas.

Voici mon code :
Code:

1 2 cardio <- Dataset[Dataset$Spe== "CARDIOLOGIE",] ggplot(cardio) + aes(x=as.factor(Acte),y=PDS)+geom_boxplot(alpha=0.7) + ggtitle("CARDIOLOGIE")
qui donne :
Pièce jointe 480642

Et question subsidiaire : comment enregistrer le graphe créé automatiquement vers un fichier image (jpeg ou autre) ? Le but étant d'écrire mon code pour toutes les spécialités et d'enregistrer au fur et à mesure le graphe résultant.

Merci de vos conseils avertis.
Excellente journée à tous.

Matou06
05/06/2019, 09h57
VonVelten
Bonjour,

Pour répondre aux questions :

Par rapport aux problèmes d’abscisses qui sont uniques dans chaque valeur de graphique, il est possible de faire quelque chose avec la fonction multiplot() (dont le code est accessible ici) en utilisant la solution de faire un graphique à la fois comme proposé par Puppet_Master, et de les combiner à la fin avec la fonction multiplot().

Par rapport à la lecture, on peut jouer sur l'orientation du texte :
Code:

1 2 ggplot(cardio) + aes(x=as.factor(Acte),y=PDS)+geom_boxplot(alpha=0.7) + ggtitle("CARDIOLOGIE")+theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))
Je pense que la fonction las ne fonctionne pas car elle est liée à boxplot et non à ggplot (pas même outil graphique).

Pour enregister, deux possibilités :
- Si les graphiques sont réalisées avec ggplot, il y a la fonction ggsave() (aide en ligne). Je la trouve très bien car elle permet de bien choisir taille/format/résolution facilement (La visualisation dans R et le rendu final peuvent être différent à cause des changements de taille). Attention pour le multiplot, il faut faire ggsave(multiplot(....),....).
- Sinon, pour sauver de façon générale la fenêtre graphique, il y a la fonction png() par exemple (pour sauver en png) et à associer à la fin avec dev.off (Voici les principales fonctions)

Cordialement

VV

1 pièce(s) jointe(s)

Citation:

Envoyé par Matou06

Bonjour,

Le problème est que mes actes peuvent être très différents d'une spécialité à l'autre, donc je me retrouve à avoir en abscisse tous les actes, même si la spécialité du graphique n'est pas concernée, du coup l'abscisse est illisible.

Une piste pour solutionner ce problème ?

Bonjour.

La documentation de ggplot2 section facet_warp propose l'utilisation de l'argument scales pour ce genre de problème. exemple:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 # Initialisation des variables de construction du data.frame S <- seq(1:9) Acte <- NULL Spe <- NULL for(i in S){ Spe <- c(Spe, rep(i,44*10)) Acte <- c(Acte, round(runif(n = 44*10, min = i * 9 , max = i*9+5 ), 0)) } # Construction du data.frame d <- data.frame( Spe = Spe, Acte = Acte, PDS = rnorm(9*44*10,mean = 5,sd = 1.5) ) # Faire les graphiques library(ggplot2) ggplot(d) + aes(x = as.factor(Acte), y = PDS) + geom_boxplot(alpha = 0.7) + facet_wrap(~ Spe, scales = "free")
Pièce jointe 481477

2 pièce(s) jointe(s)

Bonjour,

Merci énormément d'avoir pris de votre temps pour partager vos savoir faire.
Je me suis servi de toutes vos pistes et j'ai réussi à sortir des graphes vraiment intéressants (même s'il y a sûrement encore moyen de faire mieux), ainsi qu'à les sauvegarder.

Pour info, voici mes codes (un exemple pour une spécialité, j'ai fait le même pour chaque spécialité (il y a peut être moyen de faire une boucle pour éviter de tout retaper bêtement mais je n'ai pas encore chercher à le faire) :
Code:

1 2 3 cardio <- RECUEIL[RECUEIL$Spécialité== "CARDIOLOGIE",] ggplot(cardio) + aes(x=Acte,y= PDS_Total_corrigé_Gy.cm2) + geom_boxplot(alpha=0.7) + ggtitle("CARDIOLOGIE") + xlab("") + ylab("PDS (Gy.cm²)") + theme(plot.title = element_text(face="bold", colour = "blue", size = 15, hjust=0.5)) + theme(axis.title.y = element_text(face="bold", colour = "black", size = 12)) + theme(axis.title.x = element_text(face="italic", colour = "black", size = 12)) + theme(axis.text.x =element_text(angle=45, hjust=1, colour="blue", size = 8)) ggsave("cardio.jpg")
Et voici ce que ça donne :
Pièce jointe 483468

Et pour avoir un graphe complet (encore à améliorer), voici mon code :
Code:

1 2 ggplot(RECUEIL) + aes(x = as.factor(Acte), y = PDS_Total_corrigé_Gy.cm2) + geom_boxplot(alpha = 0.7) + facet_wrap(~ Spécialité, scales = "free", ncol=3) + theme(axis.text.x = element_text(angle=45, size=5, hjust=1)) ggsave("global.jpg")
Et le résultat :
Pièce jointe 483472

J'ai également tester le multiplot, ça fonctionne aussi…

Il ne me reste plus qu'à apprendre à mettre du code dans une macro (modifiable) pour pouvoir le faire plus rapidement, je suppose que c'est faisable…
A bientôt, et encore merci pour votre aide précieuse !

Matou