Création des matrices qui calcul la dissimilarité

j'ai un programme qui crée les modèles qui sont de type arraylist, une pour les attributs du modèle et l'autre arraylist pour relation (relation entre les attributs), je veux par ce programme:
1- Créer une matrice qui calcule la dissimilarité entre les éléments des modèles utilisés.
2-Selectionner deux modèles les plus dissimilaire.
3- faire une combinaison entre ces deux modèles.
vous trouvez ci-joint le code source des modèles, merci de m'aider a résoudre ce problème