Somme du nombre d'occurrences R tableau

Hello

Comment sommer le nombre d’occurrences à chaque position dans le fragment ?
En abscisse il y a les lettres possibles.
En ordonnée il y a les position (position 1, position 2, ... ,position 8).
Dans le tableau on a donc l’occurrence de chaque lettre aux 8 positions.

Pour le fragment 1 j'aurai : TATLQAKA : 5+2+3+4+2+1+1+4 = 22
(T a été retrouvé 5 fois en position 1 + A qui a été retrouvé 2 fois en position 2 + T qui a été retrouvé 3 fois en position 3.....)

QCLKMLET 3+2+5+3+1+7+3+3 = 27

Comment le faire en R plutôt qu'à la main :(

Merci beaucoup si vous avez une idée !

Pièce jointe 471896

Pièce jointe 471900

bonjour une solution avec le tidyverse

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

library(tidyverse) ## data , colonnes A,B,C... ## data2 une colonne segment   #creation d'une fonction qui compte les occurrences # les fonctions map prennent en général 2 arguments le premier une liste ou vecteur qui sera parcouru et appliqué au 2ieme argument (fonction ou formule) ## c'est l'équivalent d'une boucle for, la fonction renverra une liste ou un dataframe ## dans l'exemple ci-dessous la fonction map_int va renvoyer un vecteur d'entiers les valeurs que vous recherchez   compter <- function(segment,table_score ){ map_int(1:8, ## premier argument de la fonction map_int, on parcours le vecteur 1:8 (les 8 lettres des segments) que l'on applique au 2 ieme argument ~table_score %>% ## 2 ieme argument, la table qui contient valeurs des occurences select(str_sub(segment,.x,.x)) %>% ## on selectionne la colonne qui correspond au caractere courant du segment slice(.x) %>% # on selectionne le numéro de ligne qui correspond a la position du caractere courant dans le segement pull()) %>% # on extrait la valeur recherchée reduce(sum) # on somme on applique la fonction sum à la liste d'entier calculée }   ##génération d'un dataframe de 2 colonne ,segment et nb = valeur recherchée ## map_df génère un dataframe(ou tibble) resultat <- map_df(data2$segments,~tibble(segments=.,nb=compter(.,table_score =data)))

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Bonjour !

Merci beaucoup pour de votre réponses !
Il y a t-il des étapes particulières pour installer le (tidyverse) car install.packages("tidyverse") puis library(tidyverse) me retourne le message suivant :
Error in library(tidyverse) : there is no package called ‘tidyverse’

Quant je tape >resultat, Je reçois la réponse : # A tibble: 0 x 0

Est ce normal ? :(

essaye compter('TATLQAKA', data) data étant ton fichier avec valeur des occurrences

Bonjour,

voyez vous une erreur ?

Je n'ai pas pu télécharger le tidyverse, car il me semble que certains packs sont prérequis.

bonjour ,
déjà je vois une erreur; ton fichier data2 a un nom de colonne = "segment"
dans mon script la derniere ligne on data2$segments (avec un s) , change le par data2$segment
si cela ne fonctionne pas peux tu joindre tes 2 fichiers que je teste
pour installer le package tu peux faire : install.packages("tidyverse",dependencies = TRUE)
as tu testercompter('TATLQAKA', data) ?

Voici les deux fichiers

Pièce jointe 473385 et Pièce jointe 473388

Voici plus ou moins le fichier de sortie, ici je l'ai fait à la main, s'il n'y a pas les calcules détaillés ce n'est pas grave

j'ai testé avec vos fichiers de départ et le résultat est bon
j'ai simplement supprimé : #entête , dans le fichier seg.txt

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27

library(tidyverse) ## setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)) ## data , colonnes A,B,C... ## data2 une colonne segment ##je considère que les 2 fichiers sont dans le dossier courant ( donné par getwd()) data <- read.table("tab_sco.txt", header = T) data2 <- read.table("seg.txt",header = T ) #creation d'une fonction qui compte les occurrences # les fonctions map prennent en général 2 arguments le premier une liste ou vecteur qui sera parcouru et appliqué au 2ieme argument (fonction ou formule) ## c'est l'équivalent d'une boucle for, la fonction renverra une liste ou un dataframe ## dans l'exemple ci-dessous la fonction map_int va renvoyer un vecteur d'entiers les valeurs que vous recherchez   compter <- function(segment,table_score ){ map_int(1:8, ## premier argument de la fonction map_int, on parcours le vecteur 1:8 (les 8 lettres des segments) que l'on applique au 2 ieme argument ~table_score %>% ## 2 ieme argument, la table qui contient valeurs des occurences select(str_sub(segment,.x,.x)) %>% ## on selectionne la colonne qui correspond au caractere courant du segment slice(.x) %>% # on selectionne le numéro de ligne qui correspond a la position du caractere courant dans le segement pull()) %>% # on extrait la valeur recherchée reduce(sum) # on somme on applique la fonction sum à la liste d'entier calculée }   ##génération d'un dataframe de 2 colonne ,segment et nb = valeur recherchée ## map_df génère un dataframe(ou tibble) resultat <- map_df(data2$segment,~tibble(segments=.,nb=compter(.,table_score =data)))

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Je suis encore désolé mais l'installation du pack tidyverse me renvois à des messages d'erreurs.

Voici ce que j'obtiens après quelques retouches !! Merci beaucoup !!

Cependant je suis bloquée sur la seule visualisation des 10 premières lignes.

pour visualiser l' ensemble du tibble resultat tu peux faire print(resultat,n = 32) ##nrow(resultat) + 1
si tu travailles avec Rstudio View(resultat)
la fonction str_sub appartient au package stringr (qui logiquement est dans le tidyverse comme purrr)

en cherchant sur le net on trouve des problèmes d'installation du tidyverse, tu peux les contourner comme tu as fait en installant et chargeant les packages séparément
pour mémoire le tidyverse contient:
ggplot2 (visualisation)
dplyr (manipulation des données)
tidyr (remise en forme des données)
purrr (programmation)
readr (importation de données)
tibble (tableaux de données)
forcats (variables qualitatives)
stringr (chaînes de caractères)

bonne continuation

D'accord tous est ok maintenant, merci beaucoup !

Bonne continuation de même !