[ggplot2] Avoir deux axes y et un axe x

Bonjour,

Je voudrais savoir comment obtenir ce plot ci-dessous avec ggplot2,
J'ai essayé de faire cela, mais le plot ne se génère pas.

Code:

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library(caret) library(ggplot2)   data(iris)   model <- train(Petal.Width ~ ., data = iris, method = "pls")   ggplot(model$results, aes(model$results$ncomp, model$results$Rsquared)) + geom_point() + geom_line() + scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(model$results$RMSE~.)) #labs(x = "ncomp", y="r²")

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Pièce jointe 469490

Bonsoir.
Sur ma session (R 3.5.3, {ggplot2} version 3.1.0) ton code fonctionne très bien, y compris les labels en commentaire. On peut ajouter une option name dans la fonction sec_axis pour titrer l'axe secondaire.

Bonjour,

J'ai mis à jour le package ggplot2,

Pour la partie RMSE se sont les valeurs de Rsquared qui sont inscrit sur la droite et il n'y a pas de points aussi.

Code:

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library(caret) library(ggplot2) data(iris) model <- train(Petal.Width ~ ., data = iris, method = "pls")   ggplot(model$results, aes(x = ncomp, y = Rsquared)) + geom_path() + geom_point() + scale_y_continuous(name = "Rsquared", sec.axis = sec_axis(~., name = "RMSE"))

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Pièce jointe 469743

Bonjour.
Tu auras un axe secondaire gradué comme tu veux en changeant ta fonction sec_axis. Par contre dans {ggplot2} l'axe secondaire permet juste de présenter les mêmes données que l'axe Y, éventuellement dans des unités différentes (exemple classique : des températures en ° celsius et farenheit) ou juste en miroir, à l'identique. Ce n'est pas un vrai axe secondaire sur lequel on peut diriger certaines géométries, à ce que j'ai compris.

Code:

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ggplot(model$results, aes(x = ncomp, y = Rsquared)) + geom_path() + geom_point() + scale_y_continuous(name = "Rsquared", sec.axis = sec_axis(~ model$results$RMSE, name = "RMSE"))

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Alternative : à partir de model$results, construire un data.frame avec pour chaque ncomp, une ligne mesure="R2" et une ligne mesure="RMSE" (avec {reshape2} ou {tidyr}), et faire le geom_point/geom_line avec un facet_wrap(~mesure) pour avoir les deux graphiques côte à côte.

J'ai essayé cela, ça donne un bon résultat mais il me faudrait une moyen de normaliser les valeurs du RMSE pour le ramener à la même échelle que le Rsquared puis de le dé-normaliser (car si le RMSE est égal à ces valeurs c(20, 24, 25) comment puis-je faire ?)

Code:

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Rsquared <- model$results$Rsquared RMSE <- model$results$RMSE + 0.7   r2 <- data.frame("ncomp" = model$results$ncomp, "val" = Rsquared, "lab" = c("r²")) rmse <- data.frame("ncomp" = model$results$ncomp, "val" = RMSE, "lab" = c("rmse"))   d <- rbind(rmse, r2)   ggplot(d, aes(x=ncomp, y=val, group=lab)) + geom_path() + geom_point() + scale_y_continuous(name="Rsquared", sec.axis = sec_axis(~ . -0.7, name="RMSE"))

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Pièce jointe 469821