probleme avec le package infer

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04/02/2019, 14h22
xavier-Pierre

probleme avec le package infer
bonjour,
si je fais un test de student avec R base

Code:

t.test(qsec~vs, data = mtcars)

j'obtiens le résultat attendu:

Citation:

Welch Two Sample t-test

data: qsec by vs
t = -5.9433, df = 24.648, p-value = 3.522e-06
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
95 percent confidence interval:
-3.555083 -1.724282
sample estimates:
mean in group 0 mean in group 1
16.69389 19.33357

si je fais le même test avec le package infer
Code:

1 2 library(infer) mtcars %>% t_test(qsec~vs)
j'obtiens cette erreur:

Citation:

Error in t.test.formula(formula = formula, data = ., alternative = alternative, :
grouping factor must have exactly 2 levels

si quelqu'un a une explication je suis preneur
merci
pour info j' ai R version 3.5.3 64 bits et infer 0.40
04/02/2019, 14h53
tototode

Bonjour,

je n'ai pas réellement d'explication, il te faut d'une part transformer la colonne vs en facteur et ensuite spécifier l'ordre des modalités avec l’argument order, tel que spécifié dans l'aide ?t_test.

Code:

mtcars %>% mutate(vs = factor(vs)) %>% t_test(qsec ~ vs, order = c("1", "0"))

cdlt

hello,

je suis d'accord avec tototode sur le fait qu'il faut donner l'ordre.
Pour l'explication je crois qu'on peut avoir une petite idée en regardant le code de la fonction

Code:

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function (data, formula, order = NULL, alternative = "two_sided", 
    mu = 0, conf_int = TRUE, conf_level = 0.95, ...) 
{
    check_conf_level(conf_level)
    if (alternative == "two_sided") {
        alternative <- "two.sided"
    }
    if (!is.null(f_rhs(formula))) {
        data[[as.character(f_rhs(formula))]] <- factor(data[[as.character(f_rhs(formula))]], 
            levels = c(order[1], order[2]))
        prelim <- data %>% stats::t.test(formula = formula, data = ., 
            alternative = alternative, mu = mu, conf.level = conf_level, 
            ...) %>% broom::glance()
    }
    else {
        data <- as.data.frame(data)
        prelim <- stats::t.test(x = data[[as.character(f_lhs(formula))]], 
            alternative = alternative, mu = mu, conf.level = conf_level, 
            ...) %>% broom::glance()
    }
......
}

Si tu transformes ou pas la colonne en facteur, la ligne suivante s'exécute:

Code:

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data[[as.character(f_rhs(formula))]] <- factor(data[[as.character(f_rhs(formula))]], 
            levels = c(order[1], order[2]))

Ta colonne est donc transformée en facteur ou réévaluée si elle était déjà un facteur.
Si tu ne précises pas l'ordre (NULL par défault) alors order[1] comme order[2] sont NULL et donc tu obtiens

Code:

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order <- NULL
factor(mtcars[["vs"]], levels = c(order[1], order[2]))
 [1] <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
[18] <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
Levels:

et le message d'erreur devient alors plus clair

04/02/2019, 15h55
tototode
re,

je ne suis pas complètement d'accord avec l'explication. Ce n'est pas une question de transformer ou non la variable en facteur, c'est que le code la transforme si la partie droite de la formule est non nulle :
if (!is.null(f_rhs(formula))) {Comme c'est le cas ici alors oui le code va transformer vs en facteur et avoir besoin de l'ordre des modalités (levels).

Si tu fais :
Code:

1 2 3 mtcars %>% mutate(vs = factor(vs)) %>% t_test(qsec ~ vs) Error in t.test.formula(formula = formula, data = ., alternative = alternative, : grouping factor must have exactly 2 levels
Tu as transformé vs en facteur avant et tu as le problème quand même parce que la formule à un terme à droite.
A priori le problème se posera à chaque fois que tu auras deux groupes à tester avec cette fonction.

cdlt
04/02/2019, 16h02
Alpacky

je n'ai pas dit que l'erreur venait du fait que la variable devait ou non être transformée en amont (ou je me suis mal exprimé) et je suis bien d'accord sur le fait qu'il faut donner l'ordre et que c'est l'unique chose à faire.

j'ai dit que le fait de la transformer ou pas sans donner l'ordre conduisait à une expression pleine de NA et donc le message d'erreur. J'ai juste, à mon humble avis, expliqué d'où provenait l'erreur.

Encore une fois, la solution est de préciser l'ordre non de transformer en facteur avant.

Cordialement
04/02/2019, 16h18
xavier-Pierre

merci,
il fallait bien renseigner l'ordre (pas utile de transformer en facteur)

Code:

mtcars %>% t_test(qsec ~ vs, order = c(1, 0))

bonne journée