lire tous les rasters existe dans un dossier pour calcul du mean ! os.scandir

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Bonjour ,

j'utilise un script qui permet de calculer la moyenne des valeurs des pixel pour chaque bands dans un raster et le stocker dans un dataframe et sauvgarder en fichier CSV voilà le script :

Code:

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import pandas as pd
 
raster_filename = "D:/projetp/Doy_2000/output/2014mask.tif"
raster = gdal.Open(raster_filename)
bands = raster.RasterCount
 
row_list = []
 
for band in range(1, bands+1):
    data = raster.GetRasterBand(band).ReadAsArray().astype('float')
    mean = np.mean(data[data != 0]) #calculate mean without value 0
    row_list.append({
        'raster': os.path.basename(raster_filename),
        'band': band,
        'mean': mean,
        'year': 2014,
        })
    print("Band %s: Mean = %s" % (band, round(mean, 2)))
 
# create DataFrame with columns from the dict keys
df = pd.DataFrame(row_list)
df.to_csv('band_means.csv')

j'ai 5 autres Raster dans même dossier nommer ( 2014mask,2013mask,2010mask, 2011mask,2009mask) que j'aimera effectuer le même opération sans faire un par un . j'ai essayé avec os.scandir mais j'arrive pas ou j'ai mal utilisé la fonction :

Code:

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raster_path = "D:/projetp/Doy_2000/output/" 
 
with os.scandir(raster_path) as p: 
    for raster in p: 
        if not raster.name.endswith(".tif"): 
            raster_file = os.path.join(raster_path) 
            raster = gdal.Open("D:/projetp/Doy_2000/output/2014mask.tif") 
row_list = [] 
 
            bands = raster.RasterCount
 
            for band in range(1, bands+1):
                data = raster.GetRasterBand(band).ReadAsArray().astype('float')
                mean = np.mean(data[data != 0]) #calculate mean without value 0
                row_list.append({
                    'raster': os.path.basename(raster_name),
                    'band': band,
                    'mean': mean,
                    'year': 2014,
 
                })
                print("Band %s: Mean = %s" % (band, round(mean, 2)))
 
df = pd.DataFrame(row_list)
df.to_csv('band_mean.csv')

mais ça marche plus :( !!! j'ai besoin d'aide

merci d'avance

Salut,

Ça n'a pas beaucoup de sens, tu utilises le même nom raster pour deux choses différentes, et tu crées une liste de fichier alors que tu utilises toujours le même ../2014mask.tif

Code:

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    for raster in p: 
        if not raster.name.endswith(".tif"): 
            raster_file = os.path.join(raster_path) 
            raster = gdal.Open("D:/projetp/Doy_2000/output/2014mask.tif")

En plus tu recrées ta liste vide à chaque image !

Essaye comme ceci:

Code:

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import glob
tifs = glob.glob("D:/projetp/Doy_2000/output/*.tif") 
row_list = []
for tif in tifs:
    raster = gdal.Open(tif) 
    bands = raster.RasterCount
    for band in range(1, bands+1):
        data = raster.GetRasterBand(band).ReadAsArray().astype('float')
        mean = np.mean(data[data != 0]) #calculate mean without value 0
        row_list.append({
            'raster': os.path.basename(raster_name),
            'band': band,
            'mean': mean,
            'year': 2014,
        })
        print("Band %s: Mean = %s" % (band, round(mean, 2)))
 
df = pd.DataFrame(row_list)
df.to_csv('band_mean.csv')

21/01/2019, 09h59
marco056

Pas le temps de regarder mais j'ai quand même une question : il sert à quoi ce programme ?

Citation:

Envoyé par VinsS

Salut,

Ça n'a pas beaucoup de sens, tu utilises le même nom raster pour deux choses différentes, et tu crées une liste de fichier alors que tu utilises toujours le même ../2014mask.tif

Code:

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    for raster in p: 
        if not raster.name.endswith(".tif"): 
            raster_file = os.path.join(raster_path) 
            raster = gdal.Open("D:/projetp/Doy_2000/output/2014mask.tif")

En plus tu recrées ta liste vide à chaque image !

Essaye comme ceci:

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import glob
tifs = glob.glob("D:/projetp/Doy_2000/output/*.tif") 
row_list = []
for tif in tifs:
    raster = gdal.Open(tif) 
    bands = raster.RasterCount
    for band in range(1, bands+1):
        data = raster.GetRasterBand(band).ReadAsArray().astype('float')
        mean = np.mean(data[data != 0]) #calculate mean without value 0
        row_list.append({
            'raster': os.path.basename(raster_name),
            'band': band,
            'mean': mean,
            'year': 2014,
        })
        print("Band %s: Mean = %s" % (band, round(mean, 2)))
 
df = pd.DataFrame(row_list)
df.to_csv('band_mean.csv')

Bonjour,

merci pour la réponse mais encore il me retourn erreur que le raster name n 'est pas définis !!?

merci

21/01/2019, 15h13
VinsS

Dans mon exemple c'est 'tif' le nom du fichier pas 'raster_name'
21/01/2019, 15h34
loula05

Citation:

Envoyé par VinsS

Dans mon exemple c'est 'tif' le nom du fichier pas 'raster_name'

c'est dans cette ligne

Code:

'raster': os.path.basename(raster_name),

merci