[Python 2.7] dictionnaire et liste de listes

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Bonjour,

Je me permets de solliciter votre aide pour ameliorer/corriger un script...
A partir d'un dictionnaire le but est de créer des relations entre individus quand ils partagent les mêmes éléments.
Je génère un output pour visualiser les liens (network).
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'],'ind3':['K1a','R1b'],'ind4':['K1a','J2a'], 'ind5':['H','R1b']} list_ind = list(populations3.keys()) n=len(list_ind) net=[] net2=[] for i in range(n) : for j in range(n) : list1 = populations3[list_ind[i]] list2 = populations3[list_ind[j]] #a = common_elements(list1_ind,list2_ind) en_commun=[elt for elt in list1 if elt in list2] en_commun2='_'.join(en_commun) net=list_ind[i],list_ind[j],en_commun2 net2.append(net) net3=[] for i in net2: if i[2] != '': net3.append(i)#exclut les echantillons qui n ont pas de relations for i in net3: print i
Le résultat est correct, il affiche les ID des individus qui partagent les même éléments. Néanmoins, si on se focalise sur les individus qui partagent H_R1b voilà le resultat:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 ('ind5', 'ind5', 'H_R1b') ('ind5', 'ind1', 'H_R1b') ('ind5', 'ind2', 'H_R1b') ('ind1', 'ind5', 'H_R1b') ('ind1', 'ind1', 'H_R1b') ('ind1', 'ind2', 'H_R1b') ('ind2', 'ind5', 'H_R1b') ('ind2', 'ind1', 'H_R1b') ('ind2', 'ind2', 'H_R1b')
Il y a des redondances que je n arrive pas à supprimer:
par exemple :
Code:

1 2 3 ('ind1', 'ind1', 'H_R1b') ('ind2', 'ind2', 'H_R1b') ('ind5', 'ind5', 'H_R1b')
De plus je cherche a réduire le nombre de liens dont certains sont inutiles dans mon cas par exemple entre ind1 et ind 2 le code affiche: ('ind2', 'ind1', 'H_R1b'), ('ind1', 'ind2', 'H_R1b'), une seule de ces relations suffirait.
En gros si on se focalise seulement sur les Individus qui partagent H1,R1b je cherche à avoir comme résultat
Code:

1 2 3 4 populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'], 'ind5':['H','R1b']} ('ind1', 'ind2', 'H_R1b') ('ind1', 'ind5', 'H_R1b') ('ind2', 'ind5', 'H_R1b')
Ce qui dans l'idée revient au résultat affiche plus haut mais avec une réduction du nombre de liens (redondance)
J'espère ne pas être trop confus.

Merci pour votre aide

Salut, l'idéal serait de créer un dictionnaire temporaire en inversant les clés, valeurs de ton dictionnaire initial, puis à partir de lui, créer les combinaisons de tes identifiants.

Code:

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from itertools import combinations
 
valeurs = dict()
for c, liste in populations3.items() :
    t = tuple(sorted(liste))
    valeurs.setdefault(t, []).append(c)
 
 
for c, ids in valeurs.items() :
    if len(ids) > 2 :
        combs = combinations(sorted(ids), 2)
        for comb in combs :
            print comb, c
    else :
        print tuple(ids), c

Bonjour,
Je ne sais pas si j'ai tout compris mais bon.

Pour faire la même chose que ton script en évitant les doublons :
(pas testé en python 2.7)

Code:

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populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'],'ind3':['K1a','R1b'],'ind4':['K1a','J2a'], 'ind5':['H','R1b']}
list_ind = list(populations3.keys())	
n=len(list_ind)
net=[]
x=1
for k in list_ind:
	for i in range(x,n):
		en_commun=[elt for elt in populations3[k] if elt in populations3[list_ind[i]]]
		if len(en_commun):
			net.append([k,list_ind[i],'_'.join(en_commun)])
	x+=1
 
for v in net:
	print v

15/11/2018, 17h53
Piotree
Merci beaucoup pour votre aide précieuse.
pierjean peux-tu m'éclairer sur le if s'il te plait?
Code:

1 2 if len(en_commun): net.append([k,list_ind[i],'_'.join(en_commun)])
encore merci

salut,

j'y vais de ma proposition :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 net, populations3 = [], { 'ind1': ['H', 'R1b'], 'ind2': ['H', 'R1b'], 'ind3': ['K1a','R1b'], 'ind4': ['K1a','J2a'], 'ind5': ['H', 'R1b'] } for i in populations3: for j in populations3: if i == j: continue en_commun = '_'.join([elt for elt in populations3[i] if elt in populations3[j]]) if en_commun and (i,j,en_commun) not in net and (j,i,en_commun) not in net: net.append((i,j,en_commun))
on élimine simplement les cas comme ('ind1', 'ind1', 'H_R1b') en vérifiant si i == j et en sautant au prochain tour de boucle
plus bas on teste en un seul if si en_commun n'est pas vide et si il n'y a pas déjà un résultat similaire dans net
on en profite pour alléger un peu le code des variables intermédiaires, de l'utilisation des indices, etc.

et le résultat :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 [('ind5', 'ind1', 'H_R1b'), ('ind5', 'ind3', 'R1b'), ('ind5', 'ind2', 'H_R1b'), ('ind4', 'ind3', 'K1a'), ('ind1', 'ind3', 'R1b'), ('ind1', 'ind2', 'H_R1b'), ('ind3', 'ind2', 'R1b')]

16/11/2018, 10h21
lg_53
Pour avoir à la fois :
- pas de doublons ("ind1", "ind1", ...)
- pas de doublons ("ind1","ind2",...) et ("ind2","ind1", ...)
il suffit de remplacer
Code:

1 2 for i in range(n) : for j in range(n) :
par
Code:

1 2 for i in range(n) : for j in range(i+1,n) :
j démarrant à i+1, tu es sûr qu'il ne sera pas égal à i déja. Et ensuite on ne regarde que le j plus grand que i. Car pour les plus petits et bien la combinaison dans l'autre sens a déjà ét examinée.

Il n'y a strictement rien de plus a ajouter ...

Et voici une solution un peu plus optimisé que de juste faire le remplacement ci dessus :

Code:

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populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'],'ind3':['K1a','R1b'],'ind4':['K1a','J2a'], 'ind5':['H','R1b']}
 
list_ind = list(populations3.keys())	
n=len(list_ind)
net2=[]
for i,key_i in enumerate(list_ind) :
	list1 = populations3[key_i]
	for j in range(i+1,n) :
		key_j = list_ind[j]
		#a = common_elements(list1_ind,list2_ind)
		en_commun=[elt for elt in list1 if elt in populations3[key_j]]
		if en_commun : 
                   #exclut les echantillons qui n ont pas de relations
		    net2.append( (key_i,key_j,'_'.join(en_commun)) )
 
for i in net2:
	print i