[awk] Réponse variable

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Bonjour,

Je me suis lancé depuis peu dans l'écriture de script utilisant awk. j'utilise un terminal en bash sous MAC osX. Lorsque j'utilise le script suivant :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 awk 'BEGIN {FS="\t" } NR==1 { print "PCSK9",FILENAME } NR==86,NR==93 { if ($12~/not/) print $14,"" else if ($8~/he/) print $14,"1" else if ($8~/ho/) print $14,"2" } NR==94 { if ($12~/not/) print $14,"" else if ($8~/he/ && $9!~(/^6/ || /^7/)) print $14,"1" else if ($8~/ho/) print $14,"2" else if ($8~/he/ && $9~(/^6/ || /^7/)) print $14,"" } NR>=95 { if ($12~/not/) print $14,"" else if ($8~/he/) print $14,"1" else if ($8~/ho/) print $14,"2" } END { } ' $patientHaplo > /Volumes/DATA/Bioinf/Execute/HaploGS/Temp/tempPCSK9.txt
la réponse pour la ligne 94 est parfois "1" et parfois "" sans que j'arrive à expliquer pourquoi. Je suppose que la réponse doit être trop évidente pour que je la voie. J'ai mis 2 fichiers en exemple.
Merci de bien vouloir m'éclairer.

Bonjour,

il me semble qu'il y a une erreur de syntaxe pour les lignes 86 et 93 :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 for v in 12 45 11; do awk -v var="$v" '{print var}var==11,var==45{print "ok"}var==12{print "r eOK"}' <<<abc; done 12 reOK 45 11 ok
cela peut-il gêner la lecture de la ligne 94 ?...

mais, que veux-tu faire ? un OU logique ?
Code:

1 2 3 4 5 6 7 for v in 12 45 11; do awk -v var="$v" '{print var}var==11||var==45{print "ok"}var==12{print "reOK"}' <<<abc; done 12 reOK 45 ok 11 ok

05/10/2018, 14h55
Postmortem

Salut,
Il me semble que :

Code:

$9!~(/^6/ || /^7/)

Sera interprété ainsi :

Code:

$9!~($0 ~ /^6/ || $0 ~ /^7/)

Enfin, je ne suis pas certain...
Mais tu devrais plutôt l'écrire comme ça :

Code:

$9!~/^[67]/
05/10/2018, 15h08
Flodelarab

Bonjour :coucou:

Impossible que tu réussisses à passer la condition de la ligne 9 puisque c'est la même que la ligne 7.
05/10/2018, 15h12
reivil

Citation:

Envoyé par Postmortem

Salut,
Il me semble que :

Code:

$9!~(/^6/ || /^7/)

Sera interprété ainsi :

Code:

$9!~($0 ~ /^6/ || $0 ~ /^7/)

Enfin, je ne suis pas certain...
Mais tu devrais plutôt l'écrire comme ça :

Code:

$9!~/^[67]/

Ca fonctionne parfaitement, merci beaucoup, il faut bien avouer que je ne maitrise pas du tout la syntaxe, je ne "code" que depuis 1 semaine. Ceci dit, je comprends bien que awk est passé ma condition dans un cas parce qu'il n'arrivait pas à la trouver mais pas qu'il fasse la bonne interprétation dans l'autre cas. C'est pas très grave, je pense que je comprendrai avec un peu plus d'expérience.

Après quelques vérifications et recherches, j'ai retrouvé un cas plus ou moins semblable au tient expliqué dans la doc de gawk ici.

Lorsque tu fais $9!~(/^6/ || /^7/), cela équivaut à $9 !~ ( $0 ~ /^6/ || $0 ~ /^7/ ).

L'expression ( $0 ~ /^6/ || $0 ~ /^7/ ) est vraie si la ligne commence par 6 ou 7. Donc, si la ligne commence par 6 ou 7, l'expression ($0 ~ /^6/ || $0 ~ /^7/) vaut 1 ; si la ligne commence par autre chose, l'expression vaut 0.

Et donc, quand tu fais $9!~(/^6/ || /^7/), ça veut dire :

Si la ligne commence par 6 ou 7 : si le champs 9 ne contient pas 1 : $9 !~ 1
Si la ligne commence par autre chose que 6 ou 7 : si le champs 9 ne contient pas 0 : $9 !~ 0

Exemples :
Code:

1 2 3 4 5 $ awk -F \; '$2!~(/^6/ || /^7/) {print $0}' <<<'col1;col2' col1;col2 # la ligne commence par autre chose que 6 ou 7 ; (/^6/ || /^7/) vaut donc 0 ; il n'y a pas de 0 dans le champ 2 donc on affiche la ligne $ awk -F \; '$2!~(/^6/ || /^7/) {print $0}' <<<'6 col1;col2' 6col1;col2 # la ligne commence par 6 ou 7 ; (/^6/ || /^7/) vaut donc 1 ; il n'y a pas de 1 dans le champ 2 donc on affiche la ligne
Code:

1 2 3 4 5 $ awk -F \; '$2!~(/^6/ || /^7/) {print $0}' <<<'col1;col2 avec un 0' $ # la ligne commence par autre chose que 6 ou 7 ; (/^6/ || /^7/) vaut donc 0 ; il y a un 0 dans le champ 2 donc on n'affiche rien $ awk -F \; '$2!~(/^6/ || /^7/) {print $0}' <<<'6 col1;col2 avec un 0' 6col1;col2 avec un 0 # la ligne commence par 6 ou 7 ; (/^6/ || /^7/) vaut donc 1 ; il n'y a pas de 1 dans le champ 2 donc on affiche la ligne
Code:

1 2 3 4 5 $ awk -F \; '$2!~(/^6/ || /^7/) {print $0}' <<<'col1;col2 avec un 1' col1;col2 avec un 1 # la ligne commence par autre chose que 6 ou 7 ; (/^6/ || /^7/) vaut donc 0 ; il n'y a pas de 0 dans le champ 2 donc on affiche la ligne $ awk -F \; '$2!~(/^6/ || /^7/) {print $0}' <<<'6 col1;col2 avec un 1' $ # la ligne commence par 6 ou 7 ; (/^6/ || /^7/) vaut donc 1 ; il y a un 1 dans le champ 2 donc on n'affiche rien