représentation graphique ACP

Bonjour,

J'ai un tableau de données avec 5 colonnes, dont 4 variables, la première colonne étant le code des individus.
Je voudrais essayer de faire une ACP dessus un peu par curiosité.
Avec le package ade4, j'ai fais l'étude des valeurs propres, j'ai mis 4 axes (pas forcément le meilleur choix), j'arrive à afficher le cercle de corrélations, les plans factoriels mais il me semble que la fonction s.class permettait de faire des "cercles" autour des individus similaires. Pourtant quand je fais tourner la dernière ligne rien n'apparaît...

Voilà mon script rapidement:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9

typo2 <- read.table ('typo2.csv', h=T , dec = ",", sep=';') cave <- as.factor(typo2[,1]) indic <- typo2[,2:5] acp <- dudi.pca(indic) round(cumsum(acp$eig*100/sum(acp$eig)),2) inertie <-inertia.dudi(acp, col.inertia=TRUE) inertie2 <-inertia.dudi(acp, row.inertia=TRUE) s.label(acp$li,xax=1,yax=2) s.class(dfxy=acp$li,fac=cave,xax=1,yax=2)

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En fait j'ai classé les individus de manière qualitative lors d'une étude précédente et je voudrais voir si les résultats sont vérifiables de façon statistique, d'où ma volonté de faire apparaitre ces cercles/ellipses...je pensais que ce serait rapide à visualiser avec ça mais en fait je n'y arrive pas... Voilà, merci pour votre aide! :)
PS: pardon si je suis pas au bon endroit ^^

Bonjour,

Tu dis que tu n'y arrives pas mais tu ne dis pas où est le problème. Est-ce que tu as un message d'erreur, est-ce que tu n'observes pas d'ellipses, etc.

cdlt

Bonjour,

Merci pour ta réponse!
En fait j'arrive à positionner les individus sur mes axes, les noms de chaque individu apparaissent également.

Mais comme je l'ai écrit je pensais voir apparaitre des ellipses qui réuniraient mes individus en fonctions de leurs similitudes mais rien n'apparait quand j'utilise la fonction s.class...

Bonjour,

Tout dépend du nombre de modalités (levels) que tu as dans 'cave'. Si chaque individu est caractérisé par une classe alors il n'est pas possible de représenter une ellipse. De même si tu as des modalités qui regroupent que deux individus. Tu peux aussi avoir le cas ou tout tes individus sont au même endroit et ou très très proches et dans ce cas là tu ne vois rien non plus.
Sans plus d'informations il est difficile de te répondre.

Normalement je ne vois pas pourquoi ton code ne fonctionnerait pas.

cdlt

Merci!

Mon vecteur "cave" compte 31 individus, je trouve qu'ils se distinguent plutôt bien selon les axes mais ça c'est pas très scientifique comme interprétation ^^
Quelles informations pourrais-je te donner ? Je peux te mettre des images des axes et des cercles si ça peut aider...

re,

Citation:

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Mon vecteur "cave" compte 31 individus

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en fait ce qui compte c'est de savoir combien tu as d'individus par modalité, par levels. Tape table(cave).

cdlt

le problème était là! J'avais oublié ce "petit" détail, je n'avais pas de colonne de modalités dans mon tableau et "cave" était seulement rempli avec des individus d'une classe chacun....^^'
Avec les différents types ça me donne bien des ellipses qui me montrent que mon classement "qualitatif" n'est pas vraiment justifiable statistiquement parlant...y'a du boulot!

Merci pour ton aide!