pour ce qui est de la gestion de la base de données... fin faut être réaliste, si tu mélange en même temps des taches ponctuelles (longues) via chron et en même temps des modifications sur cette base de données en live via exec de php, tu risque d'avoir des soucis...
cependant, par exemple SQL à des gestionnaires de triggers, rollback qui permettent de laisser la base de données faire son job dans son sens à elle, et dans son temps à elle ... PDO de php implémente la partir rollback.
mais à mon avis si tu déplace des valeures clés d'un coté et que en même temps tu essai de les modifiers, ca deviens compliqué