Optimisation boucle R

Bonjour,

Je souhaite optimiser cette boucle ou avoir une fonction R qui pourra faciliter le calcul. La boucle tourne encore au bout de 15min.

Merci.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

#Coef_final2 est une data.frame for ( i in 1:32604){ for ( j in 1:52) coef_final2[i, j+2] = coef_final1[i,j+1]*coef_final1[i,j+55] }

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Code:

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1 2	for ( j in 1:52) coef_final2[, j+2] = coef_final1[,j+1]*coef_final1[,j+55]

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Ca devrais pas mal accélérer déjà, même s'il y a surement plus opti.

Bonjour,

Si j'ai bien compris :

Code:

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coef_final2[, 3:54] <- coef_final1[, 2:53]*coef_final1[, 56:107]

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Cdlt

@tototode: ta fonction ne fait pas la même chose. Dans le code d'origine, la valeur en j+2 dépends de la valeur en j+1 donc il faut forcément utiliser une boucle.

Code:

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> a=as.numeric(1:107) > for ( j in 1:52 ) a[j+2] = a[j+1]*a[j+55] > head(a) [1] 1 2 112 6384 370272 21846048 > b=as.numeric(1:107) > b[3:54] <- b[2:53]*b[56:107] > head(b) [1] 1 2 112 171 232 295

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@Theta : ça aurait été vrai si l'objet de stockage était le même que l'objet sur lequel se fait l'opération mais ici ce n'est pas le cas

Code:

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coef_final1 <- as.data.frame(matrix(NA, 32604, 107)) tab <- as.data.frame(matrix(rpois(32604*104, 5), 32604)) coef_final1[c((1:52)+1, (1:52)+55)] <- tab   coef_final2 <- as.data.frame(matrix(NA, 32604, 54)) coef_final3 <- coef_final2   for ( j in 1:52) coef_final2[, j+2] = coef_final1[,j+1]*coef_final1[,j+55]   coef_final3[, 3:54] <- coef_final1[, 2:53]*coef_final1[, 56:107]   all.equal(coef_final2, coef_final3) [1] TRUE

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cdlt

Ha oui j'avais pas vu qu'il y avait deux objets.
Ta version est donc la plus performante.

Sur cet exemple, la différence entre les versions avec et sans boucle n'est pas flagrante, mais il est préférable de prendre des bonnes habitudes et de vectoriser au maximum les calculs.

cdlt

Merci à vous, ne pas boucler sur les lignes à accélérer le calcul.