rep par groupe

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rep par groupe

Bonjour à tous,
J'ai le data.frame suivant :

Code:

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Treatment	Animal	TS
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402
Treatment B	CO447	Treatment B.CO447
Treatment B	CO447	Treatment B.CO447

Et je voudrais creer une colonne, qui serait en fait une valeur numérique de la colonne TS pour chaque traitement et chaque animal (cf ci-dessous)

Code:

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Treatment	Animal	TS	Replicate
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657	1
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657	1
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657	1
Treatment A	CN657	Treatment A.CN657	1
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777	2
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777	2
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777	2
Treatment A	CN777	Treatment A.CN777	2
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369	3
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369	3
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369	3
Treatment A	CO369	Treatment A.CO369	3
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682	1
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682	1
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682	1
Treatment B	CN682	Treatment B.CN682	1
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402	2
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402	2
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402	2
Treatment B	CO402	Treatment B.CO402	2
Treatment B	CO447	Treatment B.CO447	3
Treatment B	CO447	Treatment B.CO447	3

Je n'y parviens pas j'ai essayé comme ceci :

Code:

df %>% group_by(TS) %>% mutate(type = rep(1:3, length.out = length(Monkey)

Des suggestions sur la façon dont je dois m'y prendre ?
Merci pour votre aide !

28/02/2018, 10h06
tototode

Bonjour,

une possibilité :tab$Replicate <- as.integer(factor(tab$TS, unique(tab$TS)))cdlt
28/02/2018, 10h38
Isabella83

Merci pour votre aide.
Je viens d'essayer, mais cela numérote de 1 à mon nombre d'animaux dans toute l’expérience sans prendre en compte traitement+animal.
en fait je veux de 1:3 pour chaque traitement. C'est plus complexe !
28/02/2018, 10h45
tototode
Je n'avais pas vu la structuration par Treatment,

Tu peux très bien faire la même chose mais en groupant par cette variable :
Code:

1 2 tab %>% group_by(Treatment) %>% mutate(Replicate = as.integer(factor(Animal))) tab %>% group_by(Treatment) %>% mutate(Replicate = as.integer(factor(TS)))
Chaque combinaison sera notée différement.
Après ici ça fonctionne parce que tes Animaux sont ordonnées par ordre alphabétique, si ce n'était pas le cas et que tu voulais conserver l'ordre d'apparition dans le tableau alors il faudrait le spécifier dans les levels de factor : factor(TS, levels = unique(TS)).

cdlt

J'obtiens la même chose soit :

Code:

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Treatment 1 - Animal 1 : 1
Treatment 1 - Animal 2 : 2
Treatment 1 - Animal 3 : 3
Treatment 2 - Animal 1 : 4
Treatment 2 - Animal 2 : 5
Treatment 2 - Animal 3 : 6

Mais je veux :

Code:

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Treatment 1 - Animal 1 : 1
Treatment 1 - Animal 2 : 2
Treatment 1 - Animal 3 : 3
Treatment 2 - Animal 1 : 1
Treatment 2 - Animal 2 : 2
Treatment 2 - Animal 3 : 3

C'est un vrai casse tête !
Si je n'avais pas autant d'échantillon, je l'aurai fait à la main !

re,

je ne comprends pas parce qu'avec ton exemple chez moi ça fonctionne :

Code:

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tab
     Treatment Animal                TS
1  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657
2  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657
3  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657
4  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657
5  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777
6  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777
7  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777
8  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777
9  Treatment A  CO369 Treatment A.CO369
10 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369
11 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369
12 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369
13 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682
14 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682
15 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682
16 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682
17 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402
18 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402
19 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402
20 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402
21 Treatment B  CO447 Treatment B.CO447
22 Treatment B  CO447 Treatment B.CO447

Avec dplyr :

Code:

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tab %>% group_by(Treatment) %>% mutate(Replicate = as.integer(factor(TS)))
     Treatment Animal                TS Replicate
1  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
2  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
3  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
4  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
5  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
6  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
7  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
8  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
9  Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
10 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
11 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
12 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
13 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
14 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
15 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
16 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
17 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
18 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
19 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
20 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
21 Treatment B  CO447 Treatment B.CO447         3
22 Treatment B  CO447 Treatment B.CO447         3

Ce qui semble être ce que tu souhaites ?
cdlt

Une autre solution, mais je ne vois pas pourquoi ça ne fonctionne pas chez toi :

Code:

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fun <- 
function (x) 
{
    auxi <- unique(x)
    rle1 <- rle(x)
    rep(match(rle1$values, auxi), rle1$lengths)
}
 
tab %>% group_by(Treatment) %>% mutate(Replicate = fun(as.character(TS)))
     Treatment Animal                TS Replicate
1  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
2  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
3  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
4  Treatment A  CN657 Treatment A.CN657         1
5  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
6  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
7  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
8  Treatment A  CN777 Treatment A.CN777         2
9  Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
10 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
11 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
12 Treatment A  CO369 Treatment A.CO369         3
13 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
14 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
15 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
16 Treatment B  CN682 Treatment B.CN682         1
17 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
18 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
19 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
20 Treatment B  CO402 Treatment B.CO402         2
21 Treatment B  CO447 Treatment B.CO447         3
22 Treatment B  CO447 Treatment B.CO447         3

Cdlt