Problème avec la fonction Batch mode
Bonjour à tous,
J'analyse actuellement une grande quantité d'images avec la fonction analyse particule. J'ai donc décidé de créer une macro. Le but est simple et voici les étapes qu'elle doit accomplir:
Ouvrir l'image 1 du dossier => appliquer une échelle => effectuer un "color Treshold" => faire une analyse de particule avec un set de paramètre => enregistrer le fichier Results avec le nom du fichier image 1 au format Excel (.XLS ou CSV) => sauvegarder l'image "Display" avec le nom du fichier image 1 au format tif (ceci pour vérifier la qualité du fit et supprimer les datas hors spéc) => Fermer toutes les fenêtres actives => ouvrir l'image 2 du dossier etc... avec toujours le même set de paramètres dans la fonction analyse particule
Cependant avec mon code, j'ai bien des fichiers csv (mais avec un .jpg en trop dans le nom :calim2:) et tif qui sont générés mais le soucis étant qu'ils comportent tous les datas de l'image 1.
J'ai donc un soucis lors du passage de l'image 1 à l'image 2
Merci d'avance pour votre aide.
Voici mon code
Code:
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input = getDirectory("Choisir le dossier source ");
output = getDirectory("Choisir le dossier de sauvegarde");
function action( input, output, filename) {
open(input + filename);
run("Set Scale...", "distance=167.5 known=1 unit=mm");
run("Color Threshold...");
// Color Thresholder 1.51t
min=newArray(3);
max=newArray(3);
filter=newArray(3);
a=getTitle();
run("HSB Stack");
run("Convert Stack to Images");
selectWindow("Hue");
rename("0");
selectWindow("Saturation");
rename("1");
selectWindow("Brightness");
rename("2");
min[0]=0;
max[0]=255;
filter[0]="pass";
min[1]=0;
max[1]=255;
filter[1]="pass";
min[2]=0;
max[2]=162;
filter[2]="pass";
for (i=0;i<3;i++){
selectWindow(""+i);
setThreshold(min[i], max[i]);
run("Convert to Mask");
if (filter[i]=="stop") run("Invert");
}
imageCalculator("AND create", "0","1");
imageCalculator("AND create", "Result of 0","2");
for (i=0;i<3;i++){
selectWindow(""+i);
}
selectWindow("Result of 0");
selectWindow("Result of Result of 0");
rename(a);
// Colour Thresholding-------------
run("Analyze Particles...", "size=0.20-1.00 circularity=0.80-1.00 show=Outlines display clear include summarize");
saveAs("Results", output + filename + ".xls");
//run("Save", "save=[output + "Drawing of " + filename + ".tif"]");
saveAs("Tif", output + filename);
run("Close")
}
setBatchMode(true);
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++)
action(input, output, list[i]); |
