Colorier les observations en fonction de leur cluster dans une ACP

Bonjour,

Je fais un cluster par la méthode de Ward, puis une ACP. J'aimerais colorier les individus selon leur appartenance à leur classe sur le plot de l'ACP. Je m'explique

J'utilise les données protein du package PCAmixdata

Code:

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1 2	library(PCAmixdata) data(protein)

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Ensuite je standardise les données

Code:

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1 2 3 4

n <- nrow(protein) Z <- sweep(protein,2,STATS=colMeans(protein),FUN="-") Z <- sweep(Z,2,STATS=apply(Z,2,sd)*sqrt((n-1)/n),FUN="/") # Z is the standardized data.frame

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Ensuite une partition en 5 clusters

Code:

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1 2 3 4 5 6

D <- dist(Z) tree <- hclust(D^2/(2*n),method="ward.D")   P5 <- cutree(tree,k=5) P5 <- as.factor(P5)

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Ensuite une ACP

Code:

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1 2 3

library(FactoMineR) res <- PCA(data.frame(P5,protein),quali.sup=1,graph=FALSE)

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Je veux obtenir le graphique suivant

Pièce jointe 336412

J'ai essayé un plot(res, col =) mais ça ne colorie pas les observations selon leur cluster.

EDIT : ne pas tenir compte de la deuxième image, je n'arrive pas à la supprimer

Comment faire ?

Il faut utiliser l'argument 'habillage' du plot.

Effectivement. Il fallait écrire

Code:

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plot(res, habillage = "P5")

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Merci de ton aide. Résolu

En fait j'ai un petit souci. Il y a le numéro des clusters qui apparaît aussi sur le graphe.
J'obtiens ceci (ce n'est pas les données d'avant). J'ai entouré ce que je ne souhaite pas voir

Pièce jointe 336514

Je veux obtenir ça

Pièce jointe 336515