Manipulation de blocs ajouté par la fonction appendTo

Pas bien compris ton souci.

Néanmoins...

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<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<style type="text/css">
 #toto {background-color:yellow}
 #titi {background-color:red}
 .tata {background-color:green}
</style>
<script src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.1/jquery.min.js"></script> 
<script>
function _totoJS() {
 var myDiv       = document.createElement('div');
 myDiv.id        = 'toto';
 myDiv.innerHTML = '123456789';
 document.body.appendChild(myDiv);
}
function _titiJQ() {
 $( "body" ).append( "<div id='titi'>123456789</div>" );
}
function _tataJQJS() {
 $( "body" ).append( "<div id='tata'>123456789</div>" );
 document.getElementById('tata').className = 'tata';
}
</script>
</head>
<body>
<input type="button" value="Clique moi" onclick="_totoJS();_titiJQ();_tataJQJS()"/>
</body>
</html>