Analyse colorimetrique avec ImageJ

Bonjour tout le monde,

Etant clairement un novice avec tous ce qui est analyse d’image, je fais appel à vos services ô combien si précieux.

Je travaille avec le logiciel ImageJ et je dois faire une analyse colorimétrique sur des feuilles d’agrume.

En effet je voudrais pouvoir extraire d’une sélection les couleurs dominantes en jouant un peu sur les nuances de vert. Tous cela pour montrer un peu les différentes variations de couleur présente sur les feuilles du au stress. Une bonne âme charitable pourrait me donner un coup de main ?

Si jamais vous avez un autre logiciel à me conseiller capable d'effectuer ces mesures je suis aussi carrément preneur

Merci d'avance pour votre aide !

salut,

Pour le traitement d'images, ImageJ permet de faire des choses, et en particulier il existe des plugins pour le traitement d'images couleurs. Tite sélection :

• Color Inspector, permet de visualiser la distribution des couleurs dans l'image. C'est très pratique pour vérifier qu'on arrivera à séparer les couleurs.
• Threshold Colour, un plugin de Gabriel Landini (intégré dans les dernière versions de ImageJ je crois), qui permet de jouer sur différents seuils pour extraire une région d'une couleur particulière.
• Color Segmentation, une autre approche, basée sur de la classification. Ici, c'est un k-means, mais on peut utiliser d'autres algoriothmes d'apprentissage.

Si c'est pour de la quantification, une méthode "simple" peut être de mesurer les valeurs moyennes de rouge, vert et bleu dans les régions concernées. Par contre attention aux variations d'éclairement... Parfois la transformation en HSV est plus pertinente, car la composante de teinte (le H du HSV, pour "Hue") est moins sensible aux variations d'intensité.

A+

Bonjour,

Merci Kangourou pour la réponse, je vais essayer de comprendre tous cela. Et c'est loin d'être gagné :lol::lol::lol: !

Réponse de kangourou : Si c'est pour de la quantification, une méthode "simple" peut être de mesurer les valeurs moyennes de rouge, vert et bleu dans les régions concernées. Par contre attention aux variations d'éclairement... Parfois la transformation en HSV est plus pertinente, car la composante de teinte (le H du HSV, pour "Hue") est moins sensible aux variations d'intensité.

Je pense me rabattre sur cette méthode "simple", du moins essayé :mouarf:

En ce qui concerne les variations d'éclairement, sauf erreur de ma part il ne devrait pas y en avoir.

En effet j'ai scanner plus ou moins 20 feuilles d'agrumes (Feuilles témoins et Feuilles contaminées) donc je ne pense pas qu'il y est de variation d'éclairement.

Le but finale de ma manip est que je voudrais justement comparer l'impacte que la maladie à sur le "taux" de vert entre les deux types de feuilles.

hello,

alors avec ImageJ, une solution très directe est d'utiliser l'outil "color measure".

Le principe :
* délimiter une région d'intérêt sur l'image (polygon, ou courbe fermée)
* lancer le plugin dans "Plugins->Analyze->RGB Measure"
Tu obtiens les valeurs moyenne de chaque couleur, et en particulier du vert.

Pour faire ça à la chaîne sur un lot d'images, il faudrait une détection automatique de la feuille, et convertir le masque de la feuille en région d'intérêt. A voir si faisable dans ton cas.

A++