Pb de configuration de mon environnement

Bonsoir,

Je débute sous éclipse IDE pour un projet PHP.
Excusez ma méconnaissance, mais je me perds un peu dans la manière de décrire les environnements relatifs à ce sujet.

1er Problème :

Mon projet set sur mon disque e e:\Tuto\Site.
Il comprend :

controller
models
core
views
webroot

Quand je crée un projet à partir de cet emplacement j'ai choisi de "Open project from File System or Archive"
En effet il a aussitôt reconnu que c'était du php.

Mais quand ensuite j'ai voulu initier un Git repository sachant que j'ai un dépot local en e:\RefGit.
Tout s'est déplacé sous ce répertoire.

2ème problème :

J'utilise wamp. Et puisque mon répertoire d'origine, ou celui de RefGit ne sont pas sous le répertoire où est wamp, ils ne sont pas sous wamp\www.
De ce fait quand je cherche à exécuter mes fichiers (index.php principalement) l'adresse est http://localhost/tutosite/index.php parce que j'ai décalré Tutosite comme un Virtual-hosts pointant sur e:\Tuto\Site. (je n'ai pas trouvé d'autre solution...)
Donc se greffe peut être un souci de déclaration dans wamp en plus.

Voila, ce que je voudrais c'est :

gérer mes sources dans leur propre répertoire
gérer mon dépot git dans un répertoire dédié au git
exécuter mon code directement sans "trafiquer" les urls dans le navigateur d'éclipse

Merci pour votre aide précieuse :)